[生信]基于python的CodonTable包对基因序列进行翻译可替换密码子表

最新推荐文章于 2024-08-23 16:53:34 发布

黑嘿超人

最新推荐文章于 2024-08-23 16:53:34 发布

阅读量476

点赞数 7

文章标签： python

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_44943157/article/details/135343277

版权

|
运行环境：centos
语言：python3
相关程序包：argparse、Bio
|
程序：

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

import argparse
from Bio import SeqIO
from Bio.Data import CodonTable
from Bio.Seq import Seq

# 获取密码子表全部分类
def check_codon_table_type():
    table_names = list(CodonTable.unambiguous_dna_by_name.keys())
    names_idx = []
    for name in table_names:
        names_idx.append("{}:{} ".format(str(table_names.index(name)), str(name)))
    names_idx = str(names_idx).replace("', '", " | ").replace("['", "").replace("']", "")
    return [names_idx, table_names]


def trans(prefix, fa_file, gff_file, codon_table_id):
    # table_id to nam