R语言学习笔记：Pheatmap包

酚苄明

已于 2023-12-08 23:19:37 修改

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文章标签： r语言开发语言

于 2023-12-08 22:59:05 首次发布

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library(pheatmap)
#导入方式1：读取剪切板中的内容
Peter <- read.table(pipe("pbpaste")) 
#导入方式2：读取文件内容
Peter <- read.table("Peter.csv",header=T, sep=",",row.names = 1)
#做热图所需内容格式需要为矩阵，矩阵化
Peter <- as.matrix(Peter) 
#获取向量/矩阵/表/数据框/函数的一部分
head(Peter) 
#默认绘图
pheatmap(Peter)
#自定义热图颜色+热块边框线有无
pheatmap(Peter, color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(100), 
         border = FALSE)
#设定边框线色
pheatmap(Peter, border_color = "blue")
#不绘制渐变图的图例
pheatmap(Peter, legend = FALSE)
#热图块内显示数值
pheatmap(Peter, display_numbers = TRUE)
#设定数值字符串的格式及颜色
pheatmap(Peter, display_numbers = TRUE, number_format = "%.1e",number_color = "blue")
#构建矩阵文本，填充热图块
pheatmap(Peter, display_numbers = matrix(ifelse(Peter > 5, "*", ""), nrow(Peter)))
#等同
pheatmap(Peter, display_numbers = ifelse(test > 5, "*"