学术速运|蛋白质-蛋白质相互作用的蛋白质序列设计的深度学习

题目：Deep learning of protein sequence design of protein–protein interactions

文献来源:Bioinformatics, 39(1), 2023, btac733

代码：https://github.com/strauchlab/ iNNterfaceDesign

简介：随着越来越多的实验确定的蛋白质结构数据的出现，描述蛋白质序列-结构关系的数据驱动模型的可行性变得越来越高。然而，蛋白质-蛋白质相互作用的氨基酸序列设计仍然是一个相当具有挑战性的子问题，但是它又是大多数生物过程的核心。受到图像标题分配的启发，作者构建了一个基于注意力的深度学习模型，来设计多肽或蛋白质片段序列。训练的模型可以应用于自然蛋白质界面的重新设计或蛋白质相互作用片段的设计。在本文，作者通过概括自然发生的蛋白质-蛋白质相互作用，包括抗体-抗原复合物来验证其潜力。设计的界面准确地捕获了必要的自然交互作用，并类似于天然的结合亲和力。此外，该模型不需要一个精确的主干位置，这使得它成为处理蛋白质-蛋白质相互作用的从头设计的一个具有潜力的工具。

主要内容：

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