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S (i) = 0表示i位置具有最低可能熵，因此该位置给定类型的氨基酸的完美的保守性（即p（xi）该特定类型氨基酸的=1，所有19种其他类型的氨基酸在i位置为0）。随着时间的推移，蛋白质的进化，它的一些残基会比其他残基更保守。它们可能被打包在蛋白质的天然结构中，这样，当一个残基被一个较小的氨基酸取代时，另一个残基必须被一个较大的残基取代，受到几何结构的限制。在这种情况下，最相近的是A和D,而这的距离为1.这个时候，A和D的之间插入一个新的节点并且命名为a，这个节点与A和D的直接的距离皆为0.5。

​《Protein Actions Principles and Modeling》-《蛋白质作用原理和建模》本人能力有限，如果错误欢迎批评指正。第八章 Bioinformatics: Insights from Protein Sequences（生物信息学：来自蛋白质序列的见解)-比较序列要从良好的对齐开始我们需要一种确定两个序列之间的相似性的方法。在实践过程中对齐和评分是同时执行的，因为我们希望找到得分最高的对齐。序列比对是一种建立最佳位置对应的过程（根据一些评分系统）-在考虑到

我们对蛋白质结构的了解从1960年的2人增长到2016年的12万（其中超过10万是由x射线晶体学确定的，1万是由核磁共振确定的，几千种是由低温电子显微镜确定的）。这种方法，以及它的变体（使用大量的蛋白质集和取平均值），是氨基酸替代矩阵的基础（Box 8.1），它可以分配分数来找到最佳的序列比对。其次，对于两个对齐的序列，我们需要计算一个分数，用于表明一个序列与另一个序列的相似程度。然而，一般来说，同源蛋白之间的氨基酸替换频率可能因序列中的一个位点而不同（因此在蛋白质的天然结构中也是不同）。

这个现象来自于一个现象：(1)超过一半的天然氨基酸都是具有疏水性的，因此任何给定的序列都有比较可观的疏水氨基酸残基,(2)因此这些链在水中的时候往往会形成一个疏水性的中心,(3)由此产生的致密性可以有助于稳定那些氢键相连的特定二级结构并且同时可以确保那些致密链的结构。利用(a)蛋白由氢键二级结构构建的原理，(b)蛋白质的核心大多是疏水的，大多排列良好，而(c)稳定的蛋白质结构很少有埋藏电荷，结合蛋白质数据库中许多天然结构的见解，几个研究小组已经创造了人类设计的蛋白质。对于不同的生物体，这个速率是相同的。

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一对直系同源基因的一个例子是玉米中的蛋白酶和人类中的蛋白酶，它们具有相同的机制和相似的氨基酸序列。或者，这三个基因A、A'和A''可能是DNA序列中的邻居，并在DNA水平上融合，导致三个相似的子序列的共价连接链，现在可以完全折叠成一个单链。类似地，两个蛋白质彼此是同源的，或者如果它们具有相同的功能，并且它们是一个共同祖先的后代，则是同源的。当一个基因在某种类型的细胞中经历了进化复制时，该基因的一个副本可以继续在该细胞系中执行其正常的功能，而该副本仍然像以前一样受到同样的自然选择力量的影响。

​《Protein Actions Principles and Modeling》-《蛋白质作用原理和建模》本人能力有限，如果错误欢迎批评指正。第六章：The principles of protein folding kinetics（蛋白质折叠动力学的原理）整个二级结构通常作为一个单元进行折叠蛋白质倾向于以基序或二级结构的单位折叠，而不是以单个的氨基酸的形式进行折叠。结构折叠单元被称为折叠单元或部分展开的形式(foldons or partially unfolded form

速率测量有助于深入了解蛋白质折叠的途径

简而言之，I态具有显著的种群和可观测的动力学特征，而TS态只有很小的种群，因此它们只与两个可观测的动力学状态相一致。价化学键的形成和破坏涉及很大的能量，通常每摩尔几十kcal，而非共价键的形成和破坏，如蛋白质折叠，涉及更小的能量，在T = 300 K的RT = 0.6kcal/mol范围内。(A)当特征值谱有一个最慢的过程，与其他（较快的）过程很好地分离时，最慢的指数将是最显著的可观测值，因为更快的过程将在该时间尺度上达到平衡。这张图显示在一个真实的或虚拟的反应坐标ξ上，它代表了反应的进展。

-Levinthal悖论促进蛋白质折叠机制研究

当蛋白质没有净电荷时，它们有最强的结合、聚集或结晶的倾向，当溶液的pH值等于蛋白质的等电点时，就会发生这种情况(图5.13 A)。下面，我们将关注一种聚集类型的简单模型，即纤维形成，选择该模型是因为它是定量的，此外现有的实验给出了一些基本的见解。[A2]是含有两个蛋白质链的原纤维的浓度，[Am]是含有m个蛋白质链的原纤维的浓度。蛋白质的折叠一般也是协同的。纤维化模型和螺旋-线团理论之间的区别在于，纤维的形成取决于蛋白质的浓度，而螺旋-线团理论，它只描述了单个孤立分子的构象，并没有涉及到蛋白质的浓度。

换句话说，非螺旋氨基酸的熵是S = Rln（z−1），而螺旋氨基酸的熵是S = Rln 1 = 0，因此每个氨基酸从螺旋到螺旋转变的ΔS=−Rln（z−1）发生变化。在这个模型中，c的统计权重是1，h的统计权重是s。让我们回顾一下两个概率规律(1):如果状态A和状态B是互斥的，如果您想计算查看状态A或状态B的统计权重，那么ω(A或 B) = ω(A) + ω(B)(2):如果状态A和B是独立的，这两个状态A和B的统计权重为 ω（A和B）= ω(A)ω(B).我们将相应地增加或乘以统计权重和概率。

蛋白质折叠的协同作用来自于二级和三级的结构相互作用

蛋白质的结构和性质会进行急剧变化

布朗棘轮在耦合结合的过程中产生定向运动

PX]=[P]K1x是仅与X结合的蛋白质浓度，[PTX]=[P]K1R1tx是与X和ATP结合的蛋白质浓度，[PD]=[P]R2d是与ADP结合的蛋白质浓度，[PDY]=[P]K2R2yd是与ADP和Y结合的蛋白质浓度。现在，让我们来看看蛋白质作用的例子，当配体A与蛋白质分子的结合后可以在重复的循环中通过变构变化调节配体B与同一蛋白质的结合，通常是通过变构变化。设y为高浓度区域的质子Y的浓度，x为高浓度区域的质子X的浓度，t是ATP的浓度（也称之为T），d是ADP的浓度（称为D）。

通过用自由能来表达结合，我们现在有了一种语言来理解结合过程如何与其他类型的蛋白质过程相关的现象如：机械力和功，电势，光和辐射等。而现在，我们开始要考虑不同化学类型配体的结合过程。首先，在之前的模型中，假设P的生物学作用只发生在P与X结合时而非与Y结合时。在非竞争性抑制剂模型中，X与P的结合独立于Y与P的结合，有时是因为这两个配体与独立的位点结合。在这个溶液中，P的结合位点要么是自由的，要么就和X结合，要么和Y结合。那么p的状态就会有要么结合位点是空的，要么结合位点与X结合，要么结合位点同时与P和X结合。

在变构过程或变构调节中，与蛋白质上的一个位点结合的效应配体可能会影响这个蛋白质其他位点的结合过程：配体与变构位点的结合会引发对应构象变化，从而影响其他位点与配体的结合。

如果我们想要对一个结合过程进行建模，那么我们首先要做的就是构建它的结合多项式。

不同过程中的蛋白质机制是不同的。但是，这些复杂的蛋白质的机制却只是简单的结合或解离导致的后果。在这里，我们将耦合以及变构等结合过程作为描述生物的机制，行动以及机器的语言。

蛋白质折叠成紧凑的自然状态，因为氨基酸之间的吸引力（从疏水和范德瓦尔斯相互作用、相反电荷相互作用和氢键）的大小大于有利于开放变性状态的链构象熵。(3)3/5的指数，正如我们在这里所看到的，意味着，链膨胀的排除体积排斥力大于分子内吸引的溶剂条件（称为Flory好溶剂）。因此，天然条件下的蛋白质类似于不良溶剂中的折叠聚合物，而强变性剂中的蛋白质则类似于良好溶剂中的膨胀聚合物。也就是说空间的约束会降低非天然蛋白质的链的构象熵，增加非天然链的自由能。第三，位于受限的空间的非天然链的性质与非受限空间中的不同。

因此，如果溶液的pH值足够高或低，给定的蛋白质可以有一个净电荷，因为它所具有的这些类型的侧链的任何数量都有净电荷。首先，图3.17显示了蛋白质的熔化（变性）温度，即反映蛋白质的折叠稳定性会在酸性溶液或者碱性溶液中降低。再看回g

事实上，蛋白的稳定性不依赖于二级结构的数量或三级结构的类型，疏水性氨基酸或氢键的数量，或盐桥离子对的数量。另一个双态转变的证据是，两个不同的实验测试指标如：蛋白质的圆二相色测试值和色氨酸集团的掩埋的紫外光谱，的变性曲线相互叠加。另一方面，那些可以稳定蛋白质结构的溶剂中，m1

如图3.11A所示，在这个HP序列中，n=0的状态有28个，n=1的状态有7个，n=2的状态有1个。图3.11B在顶端的状态数量最多，在总监的数量较少而在底部的数量最少，而这意味着高能量的状态比较多，低能量的状态较少。虽然这个曲线其他的形状依赖于单条序列以及用于展示蛋白的模型，但是漏斗形能量景观的物理规则适用于所有模型，也就是说高能量的状态就是比低能量的多。这些图片提供了一种思考从某个特定链构象到另一种链构象的轨迹的方式，隐喻地表明，滑雪者是如何到达有树木、颠簸、峡谷和其他障碍的山腰的底部（原生状态）的。

《Protein Actions Principles and Modeling》-《蛋白质作用原理和建模》本人能力有限，如果错误欢迎批评指正。第三章：Proteins Have Stable Equilibrium Conformations （蛋白质具有稳定的平衡构想）根据配分函数Q的公式3.5(见上期)，建模的HP序列所有状态权重总和如下所示： 根据公式3.6（见上期），折叠态，中间态和展开态的比值也可以进行计算：以下就是如何使用统计学机制了。首先，我们先确定接触能量ϵ0以及温

《Protein Actions Principles and Modeling》-《蛋白质作用原理和建模》本人能力有限，如果错误欢迎批评指正。 第三章：Proteins Have Stable Equilibrium Conformations （蛋白质具有稳定的平衡构想）​-统计力学是描述蛋白质稳定性的语言 统计力学表明我们可以使用自由能的概念来对系统进行一个微观的解释，即配分函数(partition function)： 配分函数是j=1,2,3…等系统微观状态的

​《Protein Actions Principles and Modeling》-《蛋白质作用原理和建模》本人能力有限，如果错误欢迎批评指正。第三章：Proteins Have Stable Equilibrium Conformations （蛋白质具有稳定的平衡构想）-天然状态和变性状态是蛋白质的稳定状态 稳定的平衡构象是蛋白质的一个重要特征。蛋白质在给定的天然条件下具有特定的天然结构，并且在给定的变性条件下具有特定的变性结构。这样的结构变化不依赖动力学过程实现

​ 《Protein Actions Principles and Modeling》-《蛋白质作用原理和建模》本人能力有限，如果错误欢迎批评指正。第二章：Proteins perform cellular functions （蛋白质的细胞功能） 有些时候细胞膜还得承担起如蛋白质般的大分子的进出任务。这项任务由称为转运酶（线粒体膜中）或转运体（内质网膜中(与细胞膜相连）的蛋白质复合物执行。当肽在核糖体上合成（共翻译易位）时，这些蛋白质可以使不断延长的蛋白链穿过细胞膜(共翻译

例如，HIV逆转录酶(RT)具有两个配位的活性位点：一个位点用于复制病毒RNA，以及另一个在蛋白质的RNase H域上的位点，从复制的RNA链切割一个核苷酸。例如，钾通道允许钾离子沿细胞膜的电化学梯度流动（图2.12）它们的选择性过滤器是氨基酸的空间排列，充当一种化学“筛”，通过钾并阻挡其他离子，甚至是其他小的正电荷离子。这种运输对于神经元的电发射，肌肉细胞的收缩，卵子的受精，肾脏对小分子的过滤，细胞调节，中枢神经系统突触中信号的传递或神经递质的运输，以及食物的常规摄取和废物的输出是必不可少的。

蛋白质作用原理和建模》中文分享第二章：Proteins perform cellular functions-（蛋白质的细胞功能）

这个分栏主要是为了介绍《Protein Actions Principles and Modeling》-《蛋白质作用原理和建模》，有助于开始学习蛋白质的朋友了解一些基本生物知识。

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