学术速运|RELATION：一种用于基于结构药物设计的深度生成模型

题目：RELATION: A Deep Generative Model for Structure-Based De Novo Drug Design

文献来源: J. Med. Chem. 2022, 65, 9478−9492

代码：https://github.com/micahwang/RELATION

简介：基于深度学习（DL）的从头分子设计近年来获得了相当大的关注。许多基于DL的生成模型已经成功开发用于设计新分子，但大多数以配体为中心，目标结合袋的三维几何结构在分子生成中的作用尚未得到很好的利用。在这里，我们提出了一种新的基于三维的生成模型，称为RELATION。在关系模型中，BiTL算法被专门设计用于提取和转移蛋白质−配体复合物的所需几何特征到一个潜在的空间进行生成。应用药效团条件反射和基于对接的贝叶斯采样，可以有效地导航模型到广阔的化学空间，设计具有所需几何特性和药效团特征的分子。作为概念证明，该模型被用于设计两个靶点AKT1和CDK2设计抑制剂。计算结果表明，RELATION模型能够有效地生成具有良好结合亲和力和药效团特征的新分子

主要内容：

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