FDA产品TMB计算方法汇总

大家好，在此篇中和大家分享一下目前已上市FDA产品的TMB计算方法。

• TMB定义

以下为摘自《肿瘤突变负荷检测及临床应用中国专家共识（2020 年版）》中定义：

肿瘤突变负荷（tumor mutational burden，TMB）一般指特定基因组区域内每兆碱基对(Mb)体细胞非同义突变的个数，可以间接反映肿瘤产生新抗原的能力和程度，已被证实可预测多种肿瘤的免疫治疗疗效。下面公式有助于大家理解后续内容：

TMB=个体样本中的突变个数/区域大小 --------公式1

• FoundationOne CDx（P170019）

FoundationOne CDx 为Foundation Medicine, Inc.的在2017年获得 FDA批准（FDA-approved，三类）的肿瘤大panel，以下简称F1CDx，F1CDx共包含324基因，全长2.2Mb，CDS区约0.8Mb。

2.1 公式1的分子中的突变位点过滤标准如下：

1）  突变频率≥5%的同义突变和非同义突变

2）  过滤掉人群数据库中的胚系变异，包括在dbSNP中的已知胚系变异和ExAC数据库中出现2次以上的胚系变异。

3）  使用SGZ（somatic-germeline-zygosity）算法进一步过滤胚系突变（注：因F1CDx只检测癌组织样本，不对正常组织或白细胞进行测序，所以使用该算法再严格过滤胚系变异）

4）  过滤掉已知的和潜在的驱动突变，因为这些会引起偏差，包括在COSMIC数据库中报道的已知体细胞突变和抑癌基因的无义突变。

2.2 公式1的分母中的区域的大小如下：

F1CDx的CDS（The coding region of a gene）区域大小793 kb，或者分子中涉及的所有变异的编码区。

• Omics Core（K190661）

Omics Core 为NantHealth, Inc. 公司在2019年 获得FDA认证（FDA-cleared，二类）的产品，Omics Core 共包括19,396基因，全长39Mb，CDS区约33.7Mb。

3.1 公式1的分子中的突变位点过滤标准如下：

突变频率≥5%的在基因编码区检测到的所有同义突变和非同义突变

3.2 公式1的分母中的区域的大小如下：

19,396基因的CDS区域大小33.7 Mb。

• PGDx Elio Tissue Complete （K192063）

PGDx Elio Tissue Complete 为Personal Genome Diagnostics 公司的获得FDA认证（FDA-cleared）的一款肿瘤NGS大panel产品，PGDx 包括507基因，全长2.23Mb，CDS区约1.33Mb。

4.1 公式1的分子中的突变位点过滤标准如下：

507基因的基因的编码区的突变序列，详细的过滤标准可见文件K192063的Table 1。

4.2 公式1的分母中的区域的大小如下：

PGDx的CDS区域大小1.33Mb。

• TMB国家参考品

国内产品的目前尚未深入调研，但从报告上可看出与上述FDA产品的计算方法还有些偏差。目前TMB国家参考品的计算WES的TMB的方法如下，详细描述可见说明书：

5.1 公式1的分子中的突变位点过滤标准如下：

保留以下类型变异：Frame_Shift_Del 、Frame_Shift_Ins 、In_Frame_Del 、In_Frame_Ins 、

Missense_Mutation 、Nonsense_Mutation 、Nonstop_Mutation、Splice_Site 、Translation_Start_Site

5.2 公式1的分母中的区域的大小如下：

Panel或WES的FLK50区间 与 CDS的FLK2 的交集区间大小将作TMB计算的分母，计算结果为34M。