基于R语言的机器学习多分类任务（决策树、随机森林、朴素贝叶斯、支持向量机、KNN、BP神经网络）——UCL胎心宫缩监护数据（CTG.xls）预测分析

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分类专栏： R语言分类机器学习

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摘要：本文针对UCL胎心宫缩监数据（Y有三个水平的多分类预测任务），利用R语言建立决策树、随机森林、朴素贝叶斯、支持向量机、KNN和BP神经网络模型进行预测。给出了任务（包括数据预处理（缺失值处理、异常值处理）、建模、模型评价等步骤）的详细代码，读者稍加改动便可运用到自己的机器学习分类任务中。

一、数据来源与说明

胎心宫缩监护（CTG.xls）来源于UCI机器学习数据库。数据有2129个观测值及23个变量，包含了致命心律的各种度量以及基于监护记录的由专家分类的公所特征。数据可以从http://archive.ics.uci.edu/ml/machine-learning-databases/00193/获得。

任务：尝试用前面的22个变量作为自变量预测作为因变量的NSP类别。

变量描述如下：

最后三个分类变量的水平为：
分类变量水平

二、实验准备

在这里插入图片描述
打开数据表发现数据非常杂乱，表头第一行不是变量名，因此需要进行必要的数据处理，使得读进来的数据满足可分析、建模的整洁格式。处理代码如下。

#======================实验准备 =========================

#下载程序包

if(!require(tidyverse)) install.packages("tidyverse")  
if(!require(readxl)) install.packages("readxl")
if(!require(VIM)) install.packages("VIM")
if(!require(randomForest)) install.packages("randomForest")  
if(!require(magrittr )) install.packages("magrittr ")       
if(!require(caret)) install.packages("caret")  
if(!require(e1071)) install.packages("e1071")   
if(!require(pROC)) install.packages("pROC")   
if(!require(PerformanceAnalytics)) install.packages("PerformanceAnalytics")   
if(!require(DT)) install.packages("DT")    
if(!require(partykit)) install.packages("partykit")   
if(!require(class)) install.packages("class")  
if(!require(neuralnet)) install.packages("neuralnet")

#==========================导入数据 ======================

#设置工作路径
getwd()
setwd("c:/ctg")

#读取数据
data <-
read_excel("CTG.xls",sheet=2) #下载数据为excel文件

#获取指定数据集的列名
col_num <- c(1:23) %>%
as.character() #读进以后所需数据的列名为数字1:23

(cols <- data[1,col_num]
%>% as.matrix() %>% as.vector()) #获取数字对应的真正的变量名

names(data) <- data[1,]
%>% as.matrix() %>% as_vector() #重命名数据框

data <- data[-1,cols] #获取最终所需数据(2129*23)

glimpse(data) #查看数据

三、数据预处理

#========================数据预处理 ==================
#转变数据类型

data <- data %>%  #先全部变数值型,再将三个分类变量因子化
  mutate_if(.predicate = is.character,.funs =
as.numeric) %>% 
  mutate_at(.vars =
vars(Tendency,CLASS,NSP),.funs = as.factor) %>% 
  glimpse()

#数据写出
#write_csv(data,'data.csv')

#summary汇总
summary(data)

#缺失值分析
dev.new()   #新窗口用来保存图片
aggr(data, prop = F, numbers
= T)    # 可视化缺失值情况
which(complete.cases(data)==F)      ##缺失值的行号,一共三个缺失值
matrixplot(data)

##删除含有缺失值的样本（2126）和数据去重，最后剩余2,114 x 23
data <- na.omit(data)
%>% unique() 
dim(data)

#再次进行缺失数据识别
is.na(data)  
sum(is.na(data))

#异常值的识别
boxplot(data,horizontal =
TRUE)  

#异常值处理
#箱线图法
outliers <-
function(x,scale=1.5,lower=T,upper=T){
  q1 <- quantile(x,0.25)
  q3 <- quantile(x,0.75)
  iqr <- q3 - q1
  lower_bound <-  q1 - (scale * iqr)
  upper_bound <-  q3 + (scale * iqr)

#识别异常值
  if(lower){   
    x[x<=lower_bound] <- lower_bound
  }
  if(upper){
    x[x>upper_bound] <- upper_bound
  }
  return(x)
}

#对FM试验做异常值处理
FM <-  outliers(data$FM)
 
#盖帽法
block<-function(x,lower=T,upper=T){
  if(lower){
    q1<-quantile(x,0.1)
    x[x<=q1]<-q1
  }
  if(upper){
    q95<-quantile(x,0.95)
    x[x>q95]<-q95
  }
  return(x)
}

FM1 <-  block(data$FM)

#绘图比较
dev.new()
par(mfrow = c(1, 2))  
boxplot(FM,xlab='箱线图法')
boxplot(FM1,xlab='盖帽法')
 
#选择四分位数法对数值型变量进行异常值处处理
data_num  <- sapply(data[,1:20],outliers)
data_num %>% is.null()
%>% sum() #查看有无处理失败导致的空值

#查看数值型变量间的相关性
dev.new()
chart.Correlation(data_num,histogram
= T)
chart.Correlation(data[1:20],histogram
= T)

#合并数值型变量和分类变量
data_fill <-
cbind(data_num,data[,21:23])
dim(data_fill)

dev.new()
boxplot(data_num,frame = T)

结果解读：

缺失值分析

在这里插入图片描述

应用R语言VIM包中的aggr及matrixplot函数对缺失值进行可视化分析，左图为缺失值数量的柱状图，右图及下图反应缺失值的基本分布情况。通过缺失值可视化可以看数据集质量较好，仅有3个实例缺失值较多，基于时间成本和处理成本综合考量，将缺失实例直接做删除处理。

在这里插入图片描述
上图直观展示每个实例数据的分布情况，并用灰度来表示数值大小：浅色标志数值小，深色标志数值大，默认用红色标记缺失值。

异常值处理

从箱线图可以看出，FM、Variance等部分变量的异常值较多。

但是，且慢。数据分析建模的前提是对“业务”的充分理解。我们不能简单的把箱线图轴须以外的值就认为是异常值，而是应该结合挖掘目标和业务背景等综合判定。但这份数据集的元数据中给出的变量说明信息很少，并未说明记录时间的单位等信息，给异常数据判断增加了难度。经查“胎动不应该以分钟来计算，胎动在一个小时内的表现并没有规律性，所以一分钟无法得到准确的结果，正常情况下胎动是按小时计算。而且开始计算胎动的时间段也有所要求，在孕前中期根本没有这种说法，在孕后期二十八周以后，胎动增加才需要适当的计数。一般孩子的胎动一小时在三次差不多。”综合老师给出的变量说明，判断胎动数据的记录确实出现了异常值。

受信息所限，结合特征含义分析后，暂且简单地认为变量在箱线图轴须以外的观测值均为正常测量，经异常值处理后再用于建模分析。

以变量FM为例，利用传统的箱线图四分位距异常值处理法（认为（q1-1.5IQR,q3+1.5IQR）以外数据为异常值）和盖帽法（这里定义0.1和0.9分位数以外的数值为异常值法两种方法对FM变量进行异常值处理并做对比，将结果绘图如下。
在这里插入图片描述
盖帽法保留了轴须外的部分数据，异常的分位范围也可选，其实这些轴须外数据也可能蕴含重要信息，但是这里，我们为了统一处理，采用四分位距法对所有数值型变量做异常值抹平，处理后结果如下。

左图是异常值处理前的变量关系图，右图是异常值处理后变量间关系图。从图上看来，异常值管理后，数据明显变得更加紧凑，但是有几个变量因此失去了和其他变量之间的相关性，所以直接粗暴的对所有数值型变量做异常值抹平可能是有问题的，让我们先搁置争议，继续往下建模尝试。

四、建模分析

#=======================建模前数据准备 ===================
# 5折交叉验证
train_control <- trainControl(method = 'cv', number = 5)

#分层抽样 
set.seed(42) # 设置随机种子

# 根据数据的因变量进行7:3的分层抽样
index <-createDataPartition(data$NSP, p = 0.7, list = FALSE) 
index <- as.vector(index）

traindata <- data[index,] # 提取数据中的index所对应行索引的数据作为训练集
testdata <- data[-index,] # 其余的作为测试集

# 对数据进行标准化
standard <- preProcess(traindata, method = c("center","scale"))
traindata_std <- predict(standard, traindata)
testdata_std <- predict(standard, testdata)

#========================== 1、回归树 ======================
#建立模型
rpart_model <- train(NSP~ ., data = traindata_std, trControl = train_control, method = 'rpart')

#模型预测
rpart_pred <- predict(rpart_model, testdata[-23])

# 建立混淆矩阵(精度0.9194)
rpart_result <- confusionMatrix(rpart_pred, testdata_std$NSP) 
rpart_result

#可视化变量重要性
dev.new()
plot(varImp(rpart_model))

#可视化条件推断树
plot(as.party(rpart_model$finalModel))

#========================= 2、随机森林==========================
## 建立随机森林模型进行预测，并可视化变量重要性
rf_model <- randomForest(NSP ~., data = traindata_std, importance =T)
#预测
rf_pred <- predict(rf_model, testdata_std[-23], type = 'class')
#混淆矩阵
rf_result <- confusionMatrix(rf_pred, testdata_std$NSP)
rf_result   #精度0.981
varImpPlot(rf_model)                 # 可视化变量重要性

# =======================3、朴素贝叶斯 ========================
nb_model <- train(NSP ~., data = traindata_std,trControl = train_control,
method = 'nb')
nb_pred <- predict(nb_model, testdata_std[-23])
nb_result <- confusionMatrix(nb_pred, testdata_std$NSP) 
nb_result  #精度0.8626 

#=======================4、支持向量机 =====================
svm_model <- svm(NSP~.,data = traindata_std, kernel = 'radial')
svm_pred <- predict(svm_model, testdata_std[-23], type = 'response')
svm_result <- confusionMatrix(svm_pred, testdata_std$NSP) 
svm_result  #精度0.9779

#========================= 5、knn ==============================
## knn交叉验证
results = c()      # 创建一个空向量
for(i in 3:10) {
  set.seed(1234)
  knn_pred <- knn(traindata_std[-23],
  testdata_std[-23], traindata_std$NSP, i)
  Table <- table(knn_pred, testdata_std$NSP)
  accuracy <- sum(diag(Table))/sum(Table) #
  diag()提取对角线上的值
  results <- c(results, accuracy)
}

# 画出精度-vs-N图
dev.new()
plot(x = 3:10, y = results,type = 'b', col = 'blue', xlab = 'k', ylab = 'accuracy')

#当k=5时，预测
knn_pred <- knn(train =
traindata_std[-23], test = testdata_std[-23], cl = traindata_std$NSP, k = 5)

#模型结果
knn_result <- confusionMatrix(knn_pred , testdata_std$NSP)
knn_result

#==================== 6、bp神经网络 =====================
#数据准备
set.seed(1234)
#独热变量
dummy_train <- model.matrix(~Tendency+CLASS,traindata_std)
traindata_std1 <- cbind(traindata_std[,1:20],dummy_train[,-1])

traindata_std1$one = traindata_std$NSP == 1
traindata_std1$two = traindata_std$NSP == 2
traindata_std1$three = traindata_std$NSP == 3

traindata_std1

#建模
bp_modal <- neuralnet(one+two+three ~.,data=traindata_std1,threshold=0.01,
                   stepmax=100000,err.fct="ce",linear.output=F,hidden=5)

#画出拓扑结构
dev.new()
plot(bp_modal)

#模型结果
bp_modal$result.matrix
bp_modal$net.result

#测试集上计算性能
dummy_test <- model.matrix(~Tendency+CLASS,testdata_std)

testdata_std1 <- cbind(testdata_std[,1:20],dummy_test[,-1])

testdata_std1$one = testdata_std$NSP == 1
testdata_std1$two = testdata_std$NSP == 2
testdata_std1$three = testdata_std$NSP == 3

#看下数据
testdata_std1 %>%
glimpse()

bp_result <- compute(bp_modal,testdata_std1)

#混淆矩阵
predict.table = table(testdata_std$NSP,bp_pred)
predict.table

#计算预测值
bp_pred =c("one","two","three")[apply(bp_result$net.result,
1, which.max)] %>% 
  as.data.frame()

bp_pred_num <- bp_pred %>% 
  mutate(pred=case_when(
    bp_pred=='one' ~ 1,
    bp_pred=='two' ~ 2,
    bp_pred=='three' ~ 3,
  ))

bp_pred1 <- bp_pred_num[[2]] %>% as.factor()

#模型结果
bp_cm <- confusionMatrix(bp_pred1,testdata_std$NSP)
bp_cm

结果解读：
在这里插入图片描述
决策树的变量重要性和决策规则绘制如下。

将变量重要性绘图如下，可以尝试挑选重要变量再次建模，就本模型来说，精度等指标已经足够好，故不再做过多尝试。

上图为交叉验证选择n的精度变化图，从图中可以看出当n取3或5时，分类精度最高，这里取n=5时进行验证。
在这里插入图片描述

五、模型评价

#======================== AUC ========================
rpart_roc <- multiclass.roc(testdata_std$NSP,as.numeric(rpart_pred),direction = "<") 
rf_roc <- multiclass.roc(testdata_std$NSP, as.numeric(rf_pred) ,direction = "<") 
nb_roc <- multiclass.roc(testdata_std$NSP, as.numeric(nb_pred),direction = "<") 
svm_roc <- multiclass.roc(testdata_std$NSP, as.numeric(svm),direction = "<")
knn_roc <- multiclass.roc(testdata_std$NSP, as.numeric(knn_pred),direction = "<")
bp_roc <- multiclass.roc(testdata_std$NSP,as.numeric(bp_pred1),direction = "<")

#AUC值比较
rpart_roc #0.7776
rf_roc #0.9796
nb_roc # 0.7797
svm_roc #0.9552
knn_roc #0.941
bp_roc #0.9835

在这里插入图片描述
从模型结果来看，单隐层BP神经网络的准确率和AUC值均最高，在不要求模型解释性的情况下，是解决NSP分类的最佳选择。

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