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生信菜鸟1号
互相交流R知识,linux知识,遗传进化知识。
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Bulk RNA-seq上下游分析
RNA-seq上游分析原创 2023-11-17 15:36:00 · 1421 阅读 · 0 评论 -
R绘制error bar图
R语言绘制error bar图原创 2022-07-29 17:41:53 · 2170 阅读 · 0 评论 -
利用admixtools进行群体分析
admixtools进行F2,F3,F4计算原创 2022-07-28 01:07:09 · 2486 阅读 · 0 评论 -
pheatmap绘制热图
pheatmap绘制热图原创 2022-05-22 14:02:15 · 1869 阅读 · 0 评论 -
R中ggplot2绘制直方图(histogram)
ggplot2绘制直方图原创 2022-05-22 13:42:30 · 5519 阅读 · 0 评论 -
ggplot中删除legend
ggplot中删除legend原创 2022-01-18 19:51:05 · 3936 阅读 · 0 评论 -
number of items to replace is not a multiple of replacement length
错误如图所示,我在进行循环读文件时出现了问题,读取后的list中每个表格式都有问题。但实际上单独读取是这样的结果上网查也没查出个所以然,后来发现是list调用的问题,可以看到data[i]出了问题,list应该是data[[i]]才对可以看到平时调用list时R都是自动把[]识别为[[]],我就没在意修改以后果然好了...原创 2021-10-16 16:10:35 · 10941 阅读 · 1 评论 -
CMplot与曼哈顿图
CMplot是一个专门绘制曼哈顿图的R包rm(list=ls())options(stringsAsFactors = F)#下载安装install.packages("CMplot")library(CMplot)#包里面带的演示数据data(pig60K)head(pig60K)可以看到输入文件的必要信息有snp名,染色体名,位置,以及P值pig60K=pig60K[pig60K$Chromosome!='Y',]#snp密度图CMplot(pig60K,plot.type=原创 2021-10-11 00:02:31 · 14429 阅读 · 18 评论 -
ggtreeExtra安装失败
最近在接触遗传进化,进化树必不可少,我记得之前Y叔在公众号推过他的ggtreeExtra包,所以我直接去公众号搜了一下,发现应用ggtreeExtra在ggtree基础上绘制的图挺好看,果断开始接触练习。一开始安装的时候就出问题了,我电脑上的R是3.6.1和3.6.3,貌似版本过低。BiocManager::install("ggtreeExtra")所以我用自己服务器上不怎么用的4.1.1版的R下载了一下,果然是版本过低,4.1.1的R直接就下载下来了。然后果断练习数据都是自己瞎编的,反反原创 2021-09-27 00:23:23 · 1677 阅读 · 0 评论