ggbio进行基因结构图的绘制

在平时研究中我们找到某个基因，需要把这个基因结构可视化出来，ggbio就可以进行基因结构图的绘制。
在绘制之前我们需要得到基因的具体结构信息，所以我们需要下载对应物种对应版本的基因组gtf文件。NCBI，UCSC，Gencode等数据库都能下载。具体文件格式如下，包含基因各个结构的具体位置。

rm(list=ls())
options(stringsAsFactors = F)

#安装包
#BiocManager::install('ggbio')
#调用
library(ggh4x)
library(ggplot2)
library(ggbio)
library(GenomicRanges)
library(readxl)

data=read_xlsx('chr4.xlsx')

我们需要自己把感兴趣的基因的CDS和UTF给取出来。也就是gtf文件的1，3，4，5列，当然有的基因因为选择剪切的缘故可能有多个转录本，我们自行选择想要的转录本的结构就好。注意各个结构范围不要有重叠的地方，多个结构要对应一个转录本。

#构建GRanges对象，包括染色体，start，end这三个必要的选项，以及用于区分基因的group列，用于区分基因结构的region列。
data1<-GRanges("chr4",IRanges(start =data$Start,end=data$End,group=data$Gene,region=data$Region))

pdf(file = "1.pdf",width = 10,height = 4)
autoplot(data1,aes(group=group,fill=region,color=region),
         geom="alignment")+
  theme_bw()+
  #x轴范围，根据基因的范围自行确定
  scale_x_continuous(limits = c(56700000,56880000),
                     breaks = c(seq(56700000,56880000,by=60000)),
                     position = "top",expand = c(0,0))+
  theme(panel.border = element_blank(),
        panel.grid = element_blank(),
        axis.line.x = element_line(),
        axis.ticks.length = unit(0.2,'cm'))+
  #颜色的选择
  scale_fill_manual(values = c('red','blue'))+
  scale_color_manual(values = c('red','blue'))+
  theme(aspect.ratio = 0.1)+
  scale_y_continuous(limits = c(0,length(table(data$Gene))+1))+
  theme(axis.text.y = element_blank(),
        axis.ticks.y = element_blank())+
  coord_cartesian(clip="off")
dev.off()

得到的图片直接在AI中美化就好。