这图怎么画| 箱线图+散点+中位数连线

boxlpotwithline

写在前面

【这图怎么画】系列的图都来自VIP群里同学的提问。推文只是对图片的复现，不代表作者对图片展现形式的认同。欢迎同学们在群里分析有意思的图片。

本期图片

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「Title：」A distinct clade of Bifidobacterium longum in the gut of Bangladeshi children thrives during weaning

「Journal：」Cell

「DOI」：10.1016/j.cell.2022.10.011

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Box shows interquartile range, whiskers show data range, and the horizontal line in the box shows the median. Dashed lines show longitudinal trends connecting medians across time points.

箱线图，虚线为中位数连线。

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复线结果

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绘图

# data prepare
data <- data.frame(runif(30,0,1),
                    runif(30,0.8,1),
                    runif(30,0.8,1),
                    runif(30,0.25,0.85),
                    runif(30,0,0.7),
                    runif(30,0,0.5),
                    runif(30,0,0.1))
row.names(data)<- paste0('sample',1:30)
colnames(data) <- paste0('time',1:7)
data$sample = row.names(data)

head(data)
# wide to long
library(tidyr)
dt_plot <- gather(data, time, value,-sample)
head(dt_plot)
# calculate grouped medians
median =  data.frame(time =  paste0('time',1:7) ,
                     median = tapply(dt_plot$value, dt_plot$time, median) )
head(median)
## plot
library(ggplot2)
library(ggbeeswarm)
ggplot(dt_plot,aes(time,value))+
  geom_boxplot()+
  geom_beeswarm(shape = 21,color = '#9ca7ce',fill = '#9ca7ce',
                size = 3.5,cex = 1.5,
                stroke = 0.6,alpha = 0.8)+
  geom_line(data = median,
            mapping = aes(x = time, y = median, group=1),
            color="black",linetype = 'longdash',size = 2)+
  theme_bw()+
  labs(x = "", y = "")+
  ggtitle("My Plot Title")+
  theme(axis.text.x = element_text(color="black",size=14),
        axis.text.y=element_text(color="black",size=14),
        plot.title = element_text(size = 14, face = "bold", color = "black"),
        panel.border = element_rect(fill=NA,color="black", size=1, linetype="solid"))

ggsave('boxlpotwithline.pdf',width = 5,height = 5)

boxplot+line

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