NVT模拟时出现水分子空洞，以及NPT时盒子收缩的原理

最新推荐文章于 2024-11-11 11:17:11 发布

计算之道

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分类专栏： Molecule Simulation 文章标签：笔记

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文章讨论了在NVT和NPT条件下的系统平衡问题，特别强调了水分子在NVT下可能出现的“真空气泡”和NPT时盒子边界的收缩。模拟时需确保初始水盒子足够厚以防止收缩后的结构问题，推荐从12A起并进行多次密度调整，直到波动小于1%。

摘要由CSDN通过智能技术生成

NVT出现水分子空洞，以及NPT时盒子收缩的原理：

For a periodic system, constant pressure is the only way to equilibrate density if the starting state is
not correct. For example, the solvent packing scheme used in LEaP can result in a net void when
solvent molecules are subtracted which can aggregate into "vacuum bubbles" in a constant volume
run. Another potential problem are small gaps at the edges of the box. The upshot is that almost every
system needs to be equilibrated at constant pressure (ntb=2, ntp>0) to get to a proper density. But be
sure to equilibrate first (at constant volume) to something close to the final temperature, before turning
on constant pressure.

NVT时水的聚集导致形成“真空气泡”。

NPT时，密度平衡会使得盒子的周期性边界收缩

所以，在建模时水盒子要加厚：

越大的体系，一开始水盒子得加的越厚，因为有空隙会收缩，需要保证收缩后仍大于cutoff值+2A，否则一个周期内的蛋白会和另一个周期内的自己作用，而发生形变。。所以水盒子要厚，一般我默认盒子12A起，density也要多步，至少4次5000步，最后看密度波动，波动值小于1%了就可以走下一步了。