生物信息学&化学
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生物信息学和生物化学相关
计算之道
计算生物学
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生物信息学分析在线软件集锦
参考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/149823111;PLIP:可以画三维的相互作用图,可以分析蛋白配体复合物在原子水平的非共价相互作用,包括氢键,水桥,盐桥,卤键,疏水相互作用,π-堆叠,π-离子相互作用和。LigPlus:只适合用来画二维的相互作用图,很直观(局限性是仅能计算氢键与疏水相互作用)转自:BioSoft。原创 2023-10-24 09:32:22 · 456 阅读 · 0 评论 -
序列相似性比较与同源性分析
首先应该注意区分序列相似性与序列同源性的关系,序列相似不一定同源,但是判定同源性关系的时候有些算法(Maximum likelihood除外)要考虑到序列相似性。序列相似性是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较,用于确定该序列的生物属性,也就是找出与此序列相似的已知序列是什么,完成这一工作只需要用到两两序列比较算法,常用的程序包有BLAST,FASTA等。同源性分析是将待研究序列加入到一组与之同源,但是来自不同物种的序列中进行多序列比对,以确定该序列与其它序列间的同源性大小。原创 2023-10-24 09:26:03 · 2167 阅读 · 0 评论 -
化合物芳香性的判断
实例:对于下面的泛醌和泛醇分子, 泛醌分子只是共轭的,但是不具有芳香性(π电子数为4个,不符合休克尔4n+2规则)。而在Qb位点还原后的泛醇(对苯二酚),π电子数为6个,满足Huckel规则,具有芳香性,可与TRP,PHE,TYR,HIS等芳香性氨基酸形成π-堆积。当O换成N、S等其他杂原子时,也可以同样的判断。判断一个化合物有无芳香性,可使用Huckel规则:闭合单环平面共轭多烯(轮稀)的π电子数 为4n+2(n=0,1,2,3…若电子数4n(n=0,1,2,3…)个,则具有反芳香性。原创 2023-10-24 09:39:01 · 870 阅读 · 0 评论