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软件安装
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软件安装经验总结
计算之道
计算生物学
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分子模拟常用软件安装记录
chimeraX具有更强大的功能(新功能见https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/advantages.html),并且后者有的功能前者基本也都有(除了部分没有)然后参考网站:https://stackoverflow.com/questions/68036484/qt6-qt-qpa-plugin-could-not-load-the-qt-platform-plugin-xcb-in-even-thou。(你要建立在别的地方也可以,需要修改相应配置)原创 2023-11-04 21:07:06 · 352 阅读 · 0 评论 -
amber16编译安装
amber16编译安装原创 2023-11-04 21:09:25 · 167 阅读 · 0 评论 -
Linux安装显卡驱动+cuda(看这一篇就够了)
2.8、 nvidia-smi , nvidia-setting//检测是否安装成功到此显卡驱动就安装好了。参考: https://blog.csdn.net/yinwangde/article/details/89439648。原创 2023-11-04 21:11:40 · 305 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu22.04安装AMBER22——串行cpu版+串行cuda版+并行版
将/home/mrc/software/Amber22/amber22_src/AmberTools/src/pbsa/cusparse_LinearSolvers.cu文件中的CUSPARSE_SPMV_ALG_DEFAULT 全部换为 CUSPARSE_MV_ALG_DEFAULT(这两个是解决一个问题的不同算法),编译通过。推荐先使用后者,如果出问题了,再使用前者。②建立新链接,指向需要的CUDA版本:sudo ln -s /usr/local/cuda-11.2 /usr/local/cuda。原创 2023-11-06 10:24:57 · 1406 阅读 · 0 评论 -
ubuntu有线连接浙大校园网
新增台式机,无网卡,只能通过有线连接的方式连接浙大校园网。系统:Ubuntu20.04 + 有线网络已经连接 #ubuntu22.04也一样先说思路参考,,还有1.换浙大源打开终端输入lsb_release -a,查看自己的Ubuntu代号,我是20.04的Ubuntu,一般代号就是focal,后面要用于检查2.备份原有的源文件3.修改源文件。原创 2023-11-06 10:23:11 · 250 阅读 · 0 评论 -
PLIP以及OpenBabel 3安装记录
首先在https://github.com/openbabel/openbabel/releases下载Open Babel的最新版Open Babel 3.1.1,结果在服务器上一直安装失败,出现这个错误:“make: *** [all] 错误 2”,可能是某些软件版本不兼容带来的。PLIP:可以画三维的相互作用图,可以分析蛋白配体复合物在原子水平的非共价相互作用,包括氢键,水桥,盐桥,卤键,疏水相互作用,π-堆叠,π-离子相互作用和。其它软件也可以用类似的方法试一下,很方便。原创 2023-11-04 21:12:21 · 203 阅读 · 0 评论 -
编译环境及编译器介绍
MPI编译器实际上是MPI编译MPI程序所使用的编译命令。MPI在设计之初考虑了在各种通信网络上的工作情况,由于集群既存在Infiniband高速网络,又存在千兆以太网,所以系统为这两种通讯介质都编译对应的MPI版本。编译和运行前查看当前使用的是哪一个MPI是一个好习惯,也是一个必不可少的步骤,确认MPI路径没有问题后,就可以使用了。集群配置有三套基本的编译器:1、GCC编译器,2、PGI编译器,3、INTEL编译器。在编译和运行一个MPI程序的时候,只能同时使用一个MPI版本,不能同时混用多个。原创 2023-11-04 21:10:26 · 480 阅读 · 0 评论 -
非root安装openmpi
1、首先去官网(https://www.open-mpi.org/software/ompi/v4.0/)下载所需要的版本,注意最新的不一定是最适合你的需要的。3、./configure --prefix="安装目录所在绝对路径" #安装目录,我一般选择在编译目录外面新建一个目录,命名为openmpi-install。参考:https://www.jianshu.com/p/b2615dc004f0。原创 2023-11-04 21:08:37 · 114 阅读 · 0 评论 -
非root用户安装gcc
export LD_LIBRARY_PATH=/home/mrc/.software/gcc/gcc-installpath-6.4.0/lib64:$LD_LIBRARY_PATH #动态链接库。../configure --prefix=/home/mrc/.software/gcc/gcc-installpath-6.4.0/ #(设定gcc安装目录)参考:https://blog.csdn.net/qq_33438733/article/details/79983141。原创 2023-11-04 21:07:56 · 115 阅读 · 0 评论 -
windows版本VMD安装
结论:一般情况下使用v1.9.3即可。如果抗锯齿是灰色的,可以在NVIDIA控制面板强制中把显示性能调至最高,或者单独把VMD程序的性能调高即可(此时即使VMD显示窗口中抗锯齿是灰色的,真实显示时候也是经过抗锯齿处理的)。2. 在用户变量框里选 新建(N) 变量名设:VMDNOOSPRAY 值设:1。解决办法:1.打开 》win10我的电脑--属性--高级系统设置--环境变量。#版本1.9.4a53安装后无法打开。原创 2023-11-04 20:45:28 · 441 阅读 · 2 评论