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Amber Tutorials
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AMBER教程总结
计算之道
计算生物学
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9NMR Refinement: 9.1 NMR Refinement of DNA and RNA Duplexes
LISTOUT=POUT # Getting summaries of NMR violations:在prod.out文件的最后输出 the remaining restraint violations,一般好像没啥用。# Harmonic restraints for the restrained nonbonded model of 7DDQ,# 我这里要限制的是25456 和44926两原子的距离。这部分主要学习如何限制键长键角二面角。原创 2023-11-07 10:03:26 · 36 阅读 · 0 评论 -
7 Free Energies: 7.4 Umbrella Sampling Example
例如,如果我们在两个离子非常接近时观察它们的分离,在 VDW 半径内,我们将需要非常强的约束,因此需要大量的窗口。然后随着距离的增加,我们可以使用越来越弱的约束,因此可以使用更宽的窗口。我们将使用 200 KCal/mol rad2 的力常数,它大于预期的势垒高度,它应该在 10 到 30 Kcal 的范围内,因此它应该足以确保我们对整个反应坐标进行采样,但不要太高 大到我们最终会得到不重叠的窗口。如果它没有变化,那么您的采样可能就足够了,如果它发生了明显的变化,那么您可能需要进行更多采样。原创 2023-11-07 10:02:55 · 39 阅读 · 0 评论 -
7Free Energies: 7.1 MM-PBSA
这个值得注意的是在运行$AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -sp ras-raf_solvated.prmtop -cp ras-raf.prmtop -rp ras.prmtop -lp raf.prmtop -y *.mdcrd 的时候,-sp指定溶剂化复合物的拓扑的作用就是为了方便直接利用后面-y指定的动力学轨迹*.mdcrd。而动力学轨迹是用来计算分子力学能的,所以这样做是没有问题的。原创 2023-11-07 09:59:53 · 247 阅读 · 0 评论 -
6 Sampling Configuration Space: 6.4 Adaptive Steered Molecular Dynamics
ASMD已经被证明可以缓解这个问题,在ASMD中,预定的反应坐标被划分为段,在这些段中执行SMD,并在这个段中计算Jarzynski average (JA)。在段之间,选择“work value”最接近JA平均值的轨迹,使用这个轨迹的最终坐标rst7用于初始化下一段的SMD。首先考察第一段,运行多次SMD后,使用脚本计算Jarzynski average (JA),然后找到与JA最接近的SMD轨迹,然后使用这个SMD轨迹的最后一帧作为考察第二段的初始坐标,依次往后进行。. ,可以轻松完成这个工作。原创 2023-11-07 09:58:25 · 48 阅读 · 0 评论 -
6Sampling Configuration Space: 6.3 Using Accelerated Molecular Dynamics (aMD) to enhance sampling
英文官网:http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial22/index.php另外可参考 https://blog.chembiosim.com/aMD_in_Amber/传统的分子动力学允许人们访问数十到数百纳秒的时间尺度;然而,许多感兴趣的生物过程发生在长达几毫秒或更长时间的较长时间尺度上。加速动力学是对势能的一种修改——在模拟时减少局域barriers的高度,允许计算得更快。原创 2023-11-07 09:57:42 · 45 阅读 · 0 评论 -
4 Trajectory Analysis:4.4 Introduction to Principal Component Analysis with CPPTRAJ
N个原子的柔性大体系运动轨迹需要3N维笛卡尔坐标描述,然而这样高维度的数据很难直观分析,尤其是随着计算能力越来越高,模拟的体系也越来越大、模拟的时间越来越长、内容越来越复杂,这就需要发展更多的分析方法去挖掘出海量信息中感兴趣的信息,而使数据“噪音”被过滤,比如从复杂轨迹中了解蛋白的折叠/去折叠主要路径、酶重要域的大尺度运动行为、体系构象分布倾向、配体/残基突变/质子化等效应对体系构象的影响等等。需要注意的是,尽管PCA对于考察系统的动力学是有用的,但是系统真实的运动往往是多个PC的集合。原创 2023-11-07 09:56:58 · 139 阅读 · 0 评论 -
2Developing Nonstandard Parameters: 2.4 Metal Ion Modeling Tutorial
比如我在计算含有一个FE3+和一个带电为-1的GLU的体系的时候,电荷为+2,把自选多重度定为2的话可以正常计算,但是结果不收敛,如果把自旋多重度定为4的话,就可以计算且收敛。构建非键模型(或者说局部非键模型,即某些键使用成键某些建使用非键)的过程也是需要先使用MCPB.py计算整体成键模型,然后在tLeap的时候选定减少一些添加的成键bond,不添加bond的这些键长使用harmonic restraints进行距离限制,其中限制的时候平衡键长和力常数都从上一步MCPB.py计算成键模型时的结果取出。原创 2023-11-07 09:55:56 · 97 阅读 · 0 评论 -
1Building Systems: 1.2 Fundamentals of LEaP
一、The information contained in different file types。二、How Does LEaP Work?红色标记表示与LEaP无关的信息。原创 2023-11-07 09:55:06 · 20 阅读 · 0 评论 -
1Building Systems: 1.1 Using pdb4amber
基本用法:pdb4amber -i pdbin.pdb -o pdbout.pdb [-options] 2> some_file_name.log。1.1 用pdb4amber准备PDB文件。介绍:pdb4amber -h。原创 2023-11-07 09:52:09 · 45 阅读 · 0 评论