fastq文件转化成bam文件

进行数据分析的前提就是要获取数据，我们可以从相应的网站上下载自己需要的数据。例如https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA189204?show=reads。
选择自己想要下载的文件，将其下载到本机。下载的文件都是经过压缩的，就需要先解压文件。

在这里是使用unzip命令解压文件，在Ubuntu中，可以使用sudo apt install unzip命令，安装完成之后就可以使用unzip命令了。解压完成后会得到两个压缩的fastq文件，需要用gunzip命令解压。


利用bowtie2将fastq文件转化成bam文件。Ubuntu中可以用sudo apt install bowtie2安装bowtie2.使用以下命令就可以完成转换。

bowtie2  -x index -1 SRR893061_1.fastq -2 SRR893061_2.fastq -S bowtie.sam
samtools view -bS bowtie.sam -o bowtie.bam
samtools sort bowtie.bam -o bowtie.sorted.bam
samtools index bowtie.sorted.bam