samtools
木子木木夕然
这个作者很懒,什么都没留下…
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按照奇偶行将bam文件分成两个文件
#include <stdio.h>#include <stdlib.h>#include "htslib/sam.h"#define bam_is_read1(b) (((b)->core.flag&BAM_FREAD1) != 0) int main(int argc,char **argv){ bam_hdr_t *header; bam1_t *aln = bam_init1(); samFile *in =原创 2021-10-15 13:54:17 · 171 阅读 · 0 评论 -
fastq文件转化成bam文件
进行数据分析的前提就是要获取数据,我们可以从相应的网站上下载自己需要的数据。例如https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA189204?show=reads。选择自己想要下载的文件,将其下载到本机。下载的文件都是经过压缩的,就需要先解压文件。在这里是使用unzip命令解压文件,在Ubuntu中,可以使用sudo apt install unzip命令,安装完成之后就可以使用unzip命令了。解压完成后会得到两个压缩的fastq文件,需要用gunzip命令解原创 2021-07-29 18:45:33 · 6911 阅读 · 0 评论 -
bam文件flag的含义
/*! @abstract the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair /#define BAM_FPAIRED 1/! @abstract the read is mapped in a proper pair /#define BAM_FPROPER_PAIR 2/! @abstract the read itself is unmapped; conflictive wi原创 2021-07-07 12:41:26 · 1952 阅读 · 0 评论 -
c使用htslib库按奇偶行输出bam文件的内容
c使用htslib库按奇偶行输出bam文件的内容处理bam文件的时候,为了完成自己的需求,需要编写程序,调用htslib库中的api完成相应的功能。bam文件是以二进制形式存储的文件,与普通的文件不同,所以在处理bam文件的时候,不能把它当做普通文件一样处理,需要利用htslib里的api对它进行操作。以下就是实现本次需求的代码。#include <stdio.h>#include <stdlib.h>#include "htslib/sam.h"#define bam原创 2021-07-01 20:21:41 · 190 阅读 · 0 评论