生信软件之bwa

生信软件之bwa

一.介绍

BWA是一个针对大型参考基因组(如人类基因组)绘制DNA序列的软件包。它包括三种算法:BWA-backtrack, BWA-SW和BWA-MEM。

二.安装

假设已经按照了Anaconda

conda install bwa

三.建立index

对fasta文件构建FM-index索引：

bwa index -a bwtsw hg19.fa

有两种构建index算法:
-a bwtsw 大的基因组数据，必须大于10MB，比如人的全基因组
-a is 默认的算法，速度较快，需要较大的内存，不能构建大于2GB的数据库
结果如下

 hg19.fasta.amb、hg19.fasta.ann、hg19.fasta.bwt、hg19.fasta.pac、hg19.fasta.sa

四.比对

对于BWA-backtrack调用aln/samse/sampe，
对于BWA-SW调用bwasw，
对于BWA-MEM算法调用mem。

对于70-100bp Illumina读数，BWA-MEM比BWA-backtrack有更好的性能。

所以这里使用的是men,双端测序,"@RG\tID:40\tPL:illumina\tLB:WES\tSM:40"描述信息，加上以免做变异检测可能出错

bwa mem -t 4 -M -R "@RG\tID:40\tPL:illumina\tLB:WES\tSM:40" $index $_1.fastq.gz $_2.fastq.gz > $.sam &

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