Heatmap Plot with ggplot2 【R】

前言

热图，作为生命科学领域常用的数据展示方式，R中已经有很多专门画热图的工具，比如heatmap、Complexheatmap等等，但是，有些特殊的需求，还是要用ggplot2实现，最近有这需求，正好整理一下😑

构建数据

library(reshape)
# Data 
set.seed(8)
m <- matrix(round(rnorm(200), 2), 10, 10)
colnames(m) <- paste("Col", 1:10)
rownames(m) <- paste("Row", 1:10)

# Transform the matrix in long format
df <- melt(m)
colnames(df) <- c("x", "y", "value")
head(df)

X	Y	Value
Row 1	Col 1	-0.08
Row 2	Col 1	0.84
Row 3	Col 1	-0.46
Row 4	Col 1	-0.55
Row 5	Col 1	0.74

使用 geom_tile绘制热图

使用geom_tile就可以绘制热图，颜色用value填充

# install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile()

变方

但是，会发现上边的图画出来，每个格子不是方方正正的，所以调整一下，使用：cood_fixed

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile() +
  coord_fixed() 

给格子加个边框

如果喜欢，可以给每个格子加上特定颜色的边框，比如白色的

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "white",
            lwd = 1.5,
            linetype = 1) +
  coord_fixed() 

显示数据

可以像使用其他工具那样，把颜色代表的数值显示出来，使用：geom_text

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "black") +
  geom_text(aes(label = value), color = "white", size = 4) +
  coord_fixed() 

颜色

更改颜色，大致有三种途径：scale_fill_gradient，scale_fill_gradient2，scale_fill_gradientn，下面

使用scale_fill_gradient

通过设置低值和高值对应的颜色来更改热图的颜色：

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "black") +
  scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") +
  coord_fixed() 

使用scale_fill_gradient2

这个2吧，就是加了一个中值的设置：

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "black") +
  scale_fill_gradient2(low = "#075AFF",
                       mid = "#FFFFCC",
                       high = "#FF0000") +
  coord_fixed() 

使用scale_fill_gradientn

这个吧，就得需要自己选颜色了，可以选N多个，下面的例子就是用了调色板的20个颜色：

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "black") +
  scale_fill_gradientn(colors = hcl.colors(20, "RdYlGn")) +
  coord_fixed() 

图例

关于图里的修改，其实和画其他的图一样一样的…直接上代码了

长宽

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "black") +
  coord_fixed() +
  guides(fill = guide_colourbar(barwidth = 0.5,
                                barheight = 20)) 

Title

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "black") +
  coord_fixed() +
  guides(fill = guide_colourbar(title = "Title")) 

)

标签

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "black") +
  coord_fixed() +
  guides(fill = guide_colourbar(label = FALSE,
                                ticks = FALSE)) 

移除

ggplot(df, aes(x = x, y = y, fill = value)) +
  geom_tile(color = "black") +
  coord_fixed() +
  theme(legend.position = "none") 

就不放图了，就是图例没有了😑