CESM2.1.x Linux集群安装教程

1. 依赖的软件版本推荐

zlib-1.2.3.tar.gz (-fPIC)

szip-2.1.1.tar.gz

lapack-3.7.0.tgz (CBLAS 和 LAPACKE 目录分别执行make）

hdf5-1.10.5.tar.gz

netcdf-4.4.1.tar.gz (–enable-netcdf4 )

netcdf-fortran-4.4.1.tar.gz

netcdf-cxx4-4.3.0.tar.gz (–enable-shared)

除以上这些必须要安装的软件外，由于服务器系统的差异，不同的服务器可能还需要不同的其他的软件包，如cmake、python等，但是其余的这些软件都可以通过rpm在系统中安装。

2. 软件安装

在安装以下软件之前，确保已经安装好了ifort和intelmpi，并在bashrc里面已经正确配置。如：

export CC=icc
export CXX=icpc
export FC=ifort

2.1 安装zlib

./configure --prefix= /home/XXX/apps
make

之后修改Makefile，在CFLAGS=行添加-fPIC

CC=icc
CFLAGS=-O -DUSE_MMAP -fPIC

make check
make install

2.2 安装szip

./configure --prefix=/home/XXX/apps
make
make check
make install

2.3 安装LAPACK

cd lapack-3.7.0/INSTALL 

将make.inc.ifort 复制到lapack-3.7.0 目录下并改名为make.inc

make

然后cd CBLAS和LAPACKE目录分别执行make
将lapack-3.7.0/LAPACKE/include 目录下的所有头文件复制/home/XXX/apps/include 中，将lapack-3.7.0目录下的所有库文件复制到/home/XXX/apps/lib 中（librefblas.a改libblas.a）

2.4 安装hdf5

./configure CC=icc FC=ifort CXX=icpc --enable-shared --enable-fortran --with-zlib= /home/XXX/apps --with-szlib= /home/XXX/apps --prefix= /home/XXX/apps
make
make install

2.5 安装netcdf-c

export LDFLAGS='-L/home/XXX/apps /lib -L/home/XXX/apps/lib -L/home/XXX/apps/lib'
export CPPFLAGS='-I/home/XXX/apps/include -I/home/XXX/apps/include -I/home/XXX/apps/include'
 ./configure –prefix=/home/XXX/apps/netcdf441 --enable-netcdf4 
make 
make check
make install

2.6 安装netcdf-fortran

export CPPFLAGS=-I/home/XXX/apps /netcdf441/include 
export LDFLAGS=-L/home/XXX/apps/netcdf441/lib
export LD_LIBRARY_PATH=/home/XXX/apps/lib: /home/XXX/apps/lib: /home/XXX/apps /lib: /home/XXX/apps/netcdf441/lib:$LD_LIBRARY_PATH
./configure --prefix=/home/XXX/apps/netcdf441 --enable-parallel-tests
make 
make check
make install

2.7 安装Netcdf-cxx

export LD_LIBRARY_PATH=/home/XXX/apps /netcdf441/lib:$LD_LIBRARY_PATH
./configure CC=icc FC=ifort CXX=icpc --enable-shared CPPFLAGS=-I/home/XXX/apps/netcdf441/include LDFLAGS=-L/home/XXX/apps/netcdf441/lib --prefix=/home/XXX/apps/netcdf441
make
make check
make install

3. 移植CESM

修改xml文件

/cesm2.1.0/cime/config/cesm/machines 目录下config_machines.xml&config_compilers.xml
这一步根据自己服务器的具体情况来定，主要是要声明inputdata, outputdata, netcdf还有·系统编译器的选择，最后要注意lapack库的路径也要添加。

安装结束

参考资料

1. 
2. CESM移植记录
3. 官网数据下载