上次我们对自噬基因进行了差异表达分析,我们得到了每个基因的logFC和校正P值。同样,我们也得到了101个预后相关的基因,下面我们就要对这些基因取交集,然后我会绘制一个Venn,并向大家介绍一些能够绘制Venn图的网站。
1.下载数据
2. 匹配基因
3. 基因去重复
4.匹配临床数据
5.批量cox回归分析
6.差异表达基因筛选
7.取交集,选出预后相关的差异表达基因
8.森林图绘制
9.lasso回归进一步排除具有共线性的基因
10.验证集验证,数据合并验证
11.多因素cox回归建模
12.列线图
13.矫正曲线
14.ROC曲线分析
下面我们先看看数据:
这是批量单因素cox回归生成的结果。
这是差异表达分析的结果。
我们将这两放在一个文件夹里面,将uniCox.txt文件用excel先转成csv格式。