一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(十)——Cibersort——完结

  

之前讲过临床模型预测的专栏,但那只是基础版本,下面我们以自噬相关基因为例子,模仿一篇五分文章,将图和代码复现出来,学会本专栏课程,可以具备发一篇五分左右文章的水平:

本专栏目录如下:

Figure 1:差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考) 

Figure 2. 生存分析,箱线图表达改变分析(图片仅供参考)

Figure 3. 基因富集分析(图片仅供参考) 

Figure 4.构建临床预测模型(图片仅供参考)

Figure 5.训练集训练模型(图片仅供参考)

Figure 6.测试集测试模型(图片仅供参考) 

Figure 7.外部数据集验证模型(图片仅供参考)

Figure 8.生存曲线鲁棒性分析(图片仅供参考)

FIgure 9.列线图构建,ROC分析,DCA分析(图片仅供参考)

Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(图片仅供参考)

最后一节,讲cibersort,需要准备的输入文件如下;

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GEO(Gene Expression Omnibus)是一个公共数据库,存储了各种物种的表达谱数据和相关信息。在生物信息学中,通过研究GEO数据可以识别基因表达模式和相关通路,从而对疾病发生机制进行研究。而合并代码是指将来自GEO的多个数据集合并起来进行进一步分析和比较。 生信自学网提供了合并GEO数据集的代码示例,这个代码主要基于R语言中的Bioconductor包。首先,需要导入所需的R包,如GEOquery和limma等,这些包可以通过install.packages()函数进行安装。 接下来,通过GEOquery包中的getGEO()函数读取GEO数据集。可以通过在函数中指定GEO编号或GEO查询词,来获取GEO数据集的信息。然后,使用exprs()函数提取数据集的表达矩阵。 接下来就是数据的处理和整合。如果从GEO获取的数据集有多个,需要进行合并。可以使用cbind()函数将不同数据集的表达矩阵按列合并,或使用rbind()函数按行合并。合并后的数据集可以进行进一步的数据预处理,如去除低表达的基因和对数据进行标准化等。 最后,可以使用rankProd包和limma包等进行差异分析和富集分析等进一步的生物信息学分析。这些分析可以帮助我们发现不同基因表达的模式,从而进一步研究相关通路和疾病机制。 通过生信自学网提供的GEO合并代码示例,我们可以方便地将来自GEO的数据集进行合并和分析,从而深入研究基因表达的模式和生物学机制。这对于疾病的研究以及药物研发等方面具有重要的意义。

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