外泌体相关基因肝癌临床模型预测——2-3分纯生信文章复现——03.差异表达基因筛选（3）

     

内容如下：

1.外泌体和肝癌TCGA数据下载

2.数据格式整理

3.差异表达基因筛选

4.预后相关外泌体基因确定

5.拷贝数变异及突变图谱

6.外泌体基因功能注释

7.LASSO回归筛选外泌体预后模型

8.预后模型验证

9.预后模型鲁棒性分析

10.独立预后因素分析及与临床的相关性分析

11.列线图，ROC曲线，校准曲线，DCA曲线

12.外部数据集验证

13.外泌体模型与免疫的关系

14.外泌体模型与单细胞测序

############################ 03.差异表达基因筛选 ############################

 下面对已筛选的基因进行整合，绘制Venn图。这里我们选择两个数据库共同上调的基因做一个Venn图，共同下调的基因做一个Venn图。

筛选的标准是LogFC绝对值大于0.5，校正P值小于0.05的基因。

我们先把两个差异表达分析的数据共同上调的基因摘出来，直接用Excel筛就行:

筛选两个diff文件中logFC大于0.5且校正P值小于0.05的基因ÿ