分享一个TCGA数据库

TCGA（The Cancer Genome Atlas, 癌症基因组图谱
）是美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目，旨在应用高通量的基因组分析技术，以帮助人们对癌症有个更好的认知，从而提高对于癌症的预防、诊断和治疗能力。

TCGA官方的网站链接是：https://portal.gdc.cancer.gov/https://portal.gdc.cancer.gov/

下面介绍一个各个方便快捷的数据库，即是UCSC xena，链接是 UCSC Xenahttp://xena.ucsc.edu/

 这是数据库的主界面，现在已经改版：

 下面直接说数据库怎么下载。

滑动滚轮至页面下方：

点击learn more。

 

 点击launch Xena。

 点击data hubs。

红框即是整理好的TCGA数据库。

我们点击TCGA hub：

 

可以看到这里包含了33种癌症组织的数据。

但是TCGA hub不及GDC好用，因为没有对应的癌旁组织。因此，下载TCGA hub里面的测序数据库时，没办法进行差异表达分析。所有推荐选择GDC hub：

 

GDC hub种除了TCGA数据库以外，还有别的平台数据，例如Target。

下面我们点击一个癌症进去看一看：

 

这是食管癌的数据，可以看到里面的数据时非常丰富的，包含mRNA测序数据，拷贝数变异数据，突变数据，miRNA数据，临床数据等。

要研究哪个癌症就下载哪个数据吧。