如何批量预测lncRNA靶向的miRNA？

lncRNA能够将miRNA吸附过来，相当于竞争性结合，不让miRNA对mRNA发挥作用，因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络，简称ceRNA。

在做生信分析时，我们通过数据库筛选了一些调控自己靶基因mRNA的lncRNA，可以使用很多网站预测lncRNA结合的miRNA。

那么问题来了，大部分网站通常都是输入一个lncRNA，预测与其结合miRNA。如果我们筛选到了几十个甚至几百个lncRNA，如何批量预测lncRNA靶向的miRNA。

我向大家推荐一个网站：mircode。

直接点击download：

 

 一般我们下载高度保守的miRNA数据，数据如下：

 红框的三列是主要的，首先准备好自己的lncRNA文件：

 读取文件，然后运行以下代码：

setwd("F:\\lncRNA")## 设置工作路径
dir()
data <- read.csv("lncRNA.csv",header = T,sep = ",")## 读取自己筛选的差异lncRNA
head(data)
miRNA <- read.table("mircode.txt",header = T,sep = "\t")## 读取mircode下载的文件
head(miRNA) 
miRNA <- miRNA[miRNA$gene_symbol %in% data$LncRNA,] ## 从miRNA中提取我们筛选的差异lncRNA
dim(miRNA)
head(miRNA)
write.csv(miRNA,"lncRNA结合的miRNA.csv")