使用maker进行基因组注释

最新推荐文章于 2024-09-18 16:29:52 发布

weixin_46530443

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分类专栏：生信文章标签：生物信息学

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_46530443/article/details/121808059

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博主在使用Maker进行基因组注释时遇到了一系列问题，包括在/dev/shm下运行的必要性、Perl环境变量的调整、AUGUSTUS_CONFIG_PATH的设置、报错模块的安装、max user processes限制的修改、fathom和snap目录的错误、openmpi的安装以及gff2gbSmallDNA.pl脚本的执行问题。通过逐步解决这些问题，最终成功完成基因组注释。

摘要由CSDN通过智能技术生成

所遇到的100个问题。
（我使用过的maker主要是老师和师姐装的，如果自己装，最少还要遇到一百个问题）

1.maker要在/dev/shm下运行，有点类似计算机的运行内存；
2.如果提示某个perl脚本环境有问题，依照提示修改脚本环境变量相应行即可；
3.运行new_species.pl遇到报错：
依图设hi
设置图中的AUGUSTUS_CONFIG_PATH即可；
4.注释出的雌株雄株基因数目相差过大，合并第二轮augustus和snap的模型后进行最后一步maker注释；
5.使用maker2zff 遇到报错：
在这里插入图片描述

Can't locate URI/Escape.pm in @INC (you may need to install the URI::Escape module) (@INC contains: 
BEGIN failed--compilation aborted at -e line 1.

首先运行
perl -e ‘use URI::Escape’
检查报错模块是否安装，没有报错说明已有这个模块，可以使用一个简单粗暴的方法，修改maker2zff 脚本中所调用的perl，使用包含该模块的perl;
可恶，最终还是自己装了
在当前maker环境下运行cpan URI::Escape
4.设置export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/home/appl/miniconda3_maker/envs/maker/config/（配置错了很多遍才成功）
unset PATH可以删除环境变量
5.报错
在这里插入图片描述
与用户的max user processes 有关，原因为maker运行时会产生非常多的子进程，当目前设置达不到时就会报这个错误，这里需要root权限修改。
ulimit -a查看目前设置：

更改后为：

更改后可以正常运行。
6.251的fathom没有结果，是snap目录设置错误, vi fathom，修改为*/share/snap/