bamtools拆分bam文件

最新推荐文章于 2023-04-26 10:31:07 发布
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分类专栏： 生信 文章标签： 生物信息学
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bamtools拆分bam文件

sRNA使用shortstack比对到基因组上的比对文件是合并的bam文件，需要按照样品将其拆分，使用bamtools进行拆分：

bamtools split -in merged_alignments.bam -tag RG

也可以按照reference进行拆分：

bamtools split -in file.bam -reference

运行时间较久，有更好的方式再来更新。

weixin_46530443
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多线程拆分bam文件
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将bam文件分成两个bam文件，属于相同pe的两条reads分到一个bam文件中
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BamSplit BamSplit：一种高效的软件工具，可将Bam形成的所有染色体一起分裂成一个bam到每个chr 此功能的最新版本已集成到工具包，请用此替换 。 . / BamDeal modify bamSplit 安装 请使用此工具箱替换 。 该软件依赖htslib，因此应先预安装htslib 然后只需[make]或[sh make.sh]来编译此软件。 最终的软件可以在Dir [bin / BamSplit]中找到 对于linux / Unix和macOS tar -zxvf BamSplit-XXX.tar.gz cd BamSplit-XXX; # if Link do not work ,Try re-install two library
按照奇偶行将bam文件分成两个文件
weixin_45963508的博客
10-15 179
#include <stdio.h> #include <stdlib.h> #include "htslib/sam.h" #define bam_is_read1(b) (((b)->core.flag&BAM_FREAD1) != 0) int main(int argc,char **argv) { bam_hdr_t *header; bam1_t *aln = bam_init1(); samFile *in =
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将SAM文件转换成BAM文件需要使用samtools工具，具体步骤如下： 1. 安装samtools工具，可以通过下面的命令进行安装： ``` sudo apt-get install samtools ``` 2. 使用samtools将SAM文件转换成BAM文件，命令如下： ``` samtools view -bS input.sam > output.bam ``` 其中，`input.sam`是输入的SAM文件名，`output.bam`是输出的BAM文件名。 3. 如果SAM文件中包含头部信息，还需要使用samtools将头部信息提取出来，命令如下： ``` samtools view -H input.sam > header.sam ``` 其中，`header.sam`是保存头部信息的SAM文件名。 4. 将头部信息和BAM文件合并成完整的BAM文件，命令如下： ``` samtools reheader header.sam input.bam > output.bam ``` 其中，`input.bam`是输入的BAM文件名，`output.bam`是输出的完整的BAM文件名。 这样，就可以将SAM文件转换成BAM文件了。
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