【linux基础】指定分隔符分割文件 cut 、awk(指定多个分隔符分割文件提取列，如提取注释文件gff3内的基因ID)

1. cut 

-d  指定分隔符

cut -d , -f 1 1.txt > d1.txt

2. awk   ## 同时指定多个分割符

-F 指定分隔符

awk -F ',' '{print $1}' d1.txt

如果指定多个分隔符，使用中括号 [] https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16508279.html

awk -F "[\t :=;]" '{print $1,$4,$5,$11,$13}' 11.txt

示例：如果你想从GFF3里提取出基因怎么做？

如：你想提取QTL区间的基因，那你得先准备一个参考基因组上基因ID 、基因Name、起始、终止的文件。

1.原始GFF3

 2. 思路：先提取第三列是基因---再提取有Name 的基因--再分隔

grep -v '#' Sus_scrofa.Sscrofa11.1.99.gff3 |awk '$3=="gene"'|grep 'Name'|awk -F "[\t :=;]" '{print $1,$4,$5,$11,$13}'|less -S

匹配也可以借助   awk    '/Name/'  file.txt

最终结果如下：