R绘图|六种高颜值“火山图Volcano“保姆级教程（调色、渐变色、水平线）——基于R包ggVolcano和ggvolcano

于 2025-03-17 09:00:00 发布
阅读量1k 收藏 13
点赞数 6
分类专栏： R绘图基础 R绘图 文章标签： r语言 开发语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_46814750/article/details/146291791
版权

一、引言

        火山图（Volcano Plot）是生物信息学中常用的可视化工具，广泛应用于基因表达和差异表达分析。它通过横坐标表示基因的表达差异（log2FC），纵坐标表示统计显著性（p值的负对数）。这种图形帮助研究人员快速识别在实验组与对照组之间有显著差异且变化较大的基因或特征。

        在生物学研究中，火山图常用于RNA-Seq数据分析、疾病标志物筛选等方面。

       ggvolcano 包是R语言中的一个工具，基于 ggplot2 库，简便地绘制火山图。它提供了多种自定义选项，如设置阈值、添加参考线和调整点的样式等，使用户能够根据具体数据需求优化图表，便于更好地展示差异表达分析的结果。

二、本代码输出结果

图a:基础绘图

图b:采用ggsci配色

图c:绘制渐变颜色火山图

图d:配备不同的图形形状

图e:增加额外的水平线

图f:调整图例位置等

三、示例数据和R代码

3.1 示例数据

🌟数据准备

差异基因表达矩阵：

火山图主要用到log2FoldChang和padj这两列数据

⚠️根据自己的数据进行整理后绘图，有问题可以留言获取帮助

3.2 R代码

⚠️该代码适用于上述数据，要完成自己的任务适当调整！

套逻辑以数据管道（节点/边处理）→ 网络建模 → 基础图形渲染为主线，兼顾学术出版级输出需求。

3.2.1 R包加载并导入数据

#清除环境
rm(list=ls())

# install.packages("devtools")
#devtools::install_github("BioSenior/ggVolcano")


library(ggVolcano)

#load data
deg_data <- read.csv("deg_data.csv",row.names =1)

# use the function -- add_regulate to add a regulate column 
# to the DEG result data. 
data <- add_regulate(deg_data, log2FC_name = "log2FoldChange",
                     fdr_name = "padj",log2FC = 1, fdr = 0.05)

3.2.2 模板1

##################模板1 ##################
p1<- ggvolcano(data,
          x = "log2FoldChange",
          y = "padj",
          label = "row",
          label_number = 10,
          output = FALSE)
p1
ggsave("p1.png",p1, dpi =300, height = 5, width = 6)

#ggvolcano几个重要的参数
#pointSize = 1，是点大小
#pointShape = 21，是点的形状，可采用ggplot2所有形状，建议用虚心的方便填充颜色
#fills = c("#00AFBB", "#999999", "#FC4E07")，自定义填充颜色，需要三个一组
#colors = c("#00AFBB", "#999999", "#FC4E07")，自定义颜色，三个一组
#log2FC_cut = 1，添加log2fc虚线位置
#FDR_cut = 0.05，添加FDR 虚线位置
#label_number = 10，图中标记几个点

🌟输出结果

3.2.3 模板2:采用ggsci配色

############模板2，采用ggsci配色#########
#采用NEJM 经典配色
p2<- ggvolcano(data,
               x = "log2FoldChange",
               y = "padj",
               pointSize = 2,
               label = "row",
               label_number = 5,
               output = FALSE)+
  ggsci::scale_color_nejm()+
  ggsci::scale_fill_nejm()

p2
ggsave("p2.png",p2, dpi =300, height = 5, width = 6)

#另一种方式直接自己自定义配色
p21 <- ggvolcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
                fills = c("#e94234","#b4b4d8","#269846"),
                colors = c("#e94234","#b4b4d8","#269846"),
                label = "row", label_number = 10, output = FALSE)
p21

🌟输出结果

3.2.4 模板3：加渐变


##############模板3，绘制渐变颜色火山图################
p3 <- gradual_volcano(deg_data,
                      x = "log2FoldChange",
                      y = "padj",
                      label = "row",
                      label_number = 10,
                      output = FALSE)
p3

#gradual_volcano增加的重要参数
#pointSizeRange = c(0.5, 4),点大小基于-LOG10FDR值
ggsave("p3.png",p3, dpi =300, height = 5, width = 6)

#自定义颜色
p31 <- gradual_volcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
                             label = "row", label_number = 10, output = FALSE)+
                      ggsci::scale_color_gsea()+
                      ggsci::scale_fill_gsea()
p31


#采用调色板
library(RColorBrewer)
p32 <- gradual_volcano(data, x = "log2FoldChange", y = "padj",
                      fills = brewer.pal(5, "RdYlBu"),
                      colors = brewer.pal(8, "RdYlBu"),
                      label = "row", label_number = 10, output = FALSE)
p32
library(patchwork)
p31|p32

🌟输出结果

3.2.5 模板4：点配置为不同形状

#	ggvolcano包
#install.packages('ggvolcano')

library(ggvolcano)

data <- read.csv("data2.csv")


#基础绘图
ggvolcano(data,
          logFC_col = "log2FoldChange",
          pval_col = "pvalue",
          pval_cutoff = 1e-6,
          logFC_cutoff = 1.0,
          title = "Basic Volcano Plot",
          caption = paste("Total variables:", nrow(data)))

###################模板4，配备不同的形状###############
p4 <- ggvolcano(data,
          logFC_col = "log2FoldChange",
          pval_col = "pvalue",
          pval_cutoff = 1e-4,
          logFC_cutoff = 1.5,
          title = "Custom Points Volcano Plot",
          caption = "Customized point shapes and colors",
          point_aes = list(
            size = 2,
            shape = c(16, 17, 18, 19),  # Different shapes for NS, FC, P, and FC_P
            color = c("lightgrey", "blue", "green", "red"),
            alpha = 0.8
          ))+
  ggsci::scale_color_npg()+
  ggsci::scale_fill_npg()+
  theme(
    plot.title = element_blank(),   # 隐藏标题
    plot.caption = element_blank(),  # 隐藏底部注释
    legend.position = "none"
  )

p4
ggsave("p4.png",p4, dpi =300, height = 5, width = 6)

🌟输出结果

3.2.6 模板5：增加额外的水平线


#####################模板5，增加额外的水平线############
p5 <- ggvolcano(data,
          logFC_col = "log2FoldChange",
          pval_col = "pvalue",
          pval_cutoff = 0.05,
          logFC_cutoff = 1.0,
          title = "Volcano Plot with Reference Line",
          caption = "Extra horizontal line",
          horizontal_line = c(1e-10,1e-20,1e-40,1e-80),
          horizontal_line_aes = list(type = "dashed", 
                                     color = c("#E64B35","#4DBBD5","#3C5488","#F39B7F"),
                                     width = c(0.5,1,1.5,2))
          )+
  ggsci::scale_color_nejm()+
  ggsci::scale_fill_nejm()+
          theme(
            plot.title = element_blank(),   # 隐藏标题
            plot.caption = element_blank(),  # 隐藏底部注释
            legend.position = "none"
          )
p5
ggsave("p5.png",p5, dpi =300, height = 5, width = 6)

🌟输出结果

3.2.7 模板6：调整图例

########################模板6.调整图例##################
p6 <- ggvolcano(data,
          logFC_col = "log2FoldChange",
          pval_col = "pvalue",
          pval_cutoff = 1e-4,
          logFC_cutoff = 1.5,
          title = "Volcano Plot with Custom Legend",
          caption = "Legend labels and position modified",
          legend_aes = list(
            labels = c("Non-sig", "FC Sig", "P-value Sig", "Both Sig"),
            position = "bottom",
            label_size = 12,
            icon_size = 6
          ))+
  ggsci::scale_color_nejm()+
  ggsci::scale_fill_nejm()+
  theme(
    plot.title = element_blank(),   # 隐藏标题
    plot.caption = element_blank(),  # 隐藏底部注释
  )

p6
ggsave("p6.png",p6, dpi =300, height = 5, width = 6)

🌟输出结果

四、相关信息

！！！本文内容由小编总结互联网和文献内容总结整理，如若侵权，联系立即删除！

 ！！！有需要的小伙伴评论区获取今天的测试代码和实例数据。

 📌示例代码中提供了数据和代码，小编已经测试，可直接运行。

以上就是本节所有内容。

如果这篇文章对您有用，请帮忙一键三连（点赞、收藏、评论、分享），让该文章帮助到更多的小伙伴。

科研绘图系列：R语言富集火山图和通路图（volcano plot & pathway）
专注生信领域
08-30 935
科研绘图系列：R语言富集火山图和通路图（volcano plot & pathway）
科研绘图系列：R语言火山图（volcano plot）
专注生信领域
07-17 1733
科研绘图系列：R语言火山图（volcano plot）
R语言绘制火山图
dege857的博客
03-09 1万+
火山图在SCI文章中经常出现，其实火山图就是个散点图，通过不同颜色的散点来表示基因的差异。通常横坐标用log2（fold change）表示，差异越大的基因分布在两端，纵坐标用-log10（pvalue）表示，T检验显著性P值的负对数。通常差异倍数越大的基因T检验越显著，所以往往关注左上角和右上角的值。 今天我们通过R来绘制火山图，先导入我们的数据和R包 library(ggplot2) library(ggrepel) bc<-read.csv("E:/r/test/huoshantu.csv",
火山图美化神器——ggpubr包
xwhld518的博客
09-10 1844
分析背景     在前段时间，小编给各位小伙伴们介绍了使用ggplot2包绘制差异基因火山图，私底下有小姐姐向小编反应说图形不够美观，毕竟这个这是个看脸的时代，今天小编给小伙伴们介绍使用ggpubr包绘制带有自定义有颜色的标签，如下图所示，是不是耳目一新。     ggpubr是由Alboukadel Kassambara基于ggplot2、ggsci包开发的，用于绘制符合出版物要求的图形。该包封装了很多ggplot2的绘图函数，并且内嵌了ggsci中很多优秀的学术期刊配色方案，值得学习使用。ggpubr
增强火山图，试一下？
悟道西方
06-22 3016
Kevin Blighe 协和医学院 苑晓梅 ​ 2019-06-03 前言 最近道听...
R语言-绘制火山图
qq_43337249的博客
03-18 1005
# 设置工作目录================================== rm(list=ls()) # 清空暂存数据 setwd("D:\RStudio\project\volcano") # 设置工作目录 #加载所用的包 library(ggplot2) library(ggrepel) #导入数据集 Data<-read.table('./data_volcano.txt',header = T,stringsAsFactors = F,check.names = F,sep='
跟着CELL学作图|1.火山图
weixin_45822007的博客
04-12 1548
跟着CELL学作图之火山图“实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。”DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032这篇2020年发表在cell上关于新冠...
再肝一个R包！一行代码绘制精美火山图！
weixin_45709930的博客
08-15 1万+
一行代码绘制火山图的R包诞生了！
R实用绘图--火山图
Xingchen0101的博客
12-21 2199
R实用绘图系列主要是带领大家绘制一些实用、好看而又不太复杂的科研常用图形，主打一个实用，该系列会持续更新，有需要的小伙伴赶紧关注起来吧。
【R语言】——火山图绘制
热门推荐
weixin_54004950的博客
01-15 2万+
以转录组为例，转录组分析并不是针对一个或几个转录本进行分析，是对一个样品中所转录表达的所有转录本进行分析。：即Log2（fold change）火山图中横坐标的变量，将“fold change”进行了log2转化后，获得的数据中正数为上调的基因/负数为下调的基因，这样就可以使火山图两边对称分布（即左侧表下调/右侧表上调）。：即P-value，统计学根据显著性检验方法所得到的一个衡量值，一般以P < 0.05为显著，P
R语言画火山图
10-23
多个样本分2组，根据信号归一化后的值画火山图
35.R语言geom_contour等高线图绘制教程.pdf
12-21
R语言geom_contour等高线图绘制教程 ...本教程详细介绍了如何使用R语言中的ggplot2包和metR包来绘制等高线图，包括如何安装和加载必要的包，如何准备数据，如何绘制等高线图，如何添加文本标签等等。
【科研绘图系列】R语言绘制火山图和散点图（volcano & scatter plot）
专注生信领域
02-22 150
【科研绘图系列】R语言绘制火山图和散点图（volcano & scatter plot）
R语言绘图 | 带标签的火火火火火火火山图 | 标记感兴趣基因 | 代码注释 + 结果解读
weixin_43843918的博客
03-18 1万+
在火山图中，我们有时候会想要标注出自己感兴趣的基因，这个时候该怎么嘞！还有还有，在添加标签时，可能会遇到元素过多或位置密集导致标签显示不全，或者虽然显示全了但显得密集杂乱，不易阅读的情况。这可咋整捏！话不多说，直接开干！（本节内容同时适用于其他散点型图表）
ggplot：火山图基因标注的包ggVolcano
weixin_47634487的博客
11-21 2087
【代码】ggplot：火山图基因标注的包ggVolcano。
使用R包volcano3D绘制3D火山图-2020-07-06Mon
孤星夜神的博客
07-06 2111
火山图通常在生信分析中会经常绘制的一种图形，通常用来展示比较组的差异基因、蛋白或代谢物的，也通常是绘制为2D形式。但是，如果我们给2D火山图增加一个维度，变成3D火山图呢？本文将介绍一个绘制3D火山图的R包：volcano3D。 volcano3D允许绘制三组之间的差异基因、蛋白或代谢物，设计之初的目的也是为了探究差异基因表达情况，可以绘制成三维的，而且可以转换为交互式动态格式的网页文件。 本文例子中也惯用volcano3D包中的测试数据，该数据是类风湿关节炎实验数据the PEAC rheumatoi
单细胞差异基因火山图绘制
zfyyzhys的博客
06-27 2929
做完单细胞差异基因分析(FindMarkers/FindAllmarkers)之后，按照常规流程绘制出来的火山图看上去会很奇怪。
【科研绘图系列】R语言绘制火山图（volcano plot）
最新发布
专注生信领域
03-13 162
【科研绘图系列】R语言绘制火山图（volcano plot）
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值