扩增子分析|零模型2——基于βNTI的微生物随机性和确定性装配过程（箱线图和柱状图R中实现）

最新推荐文章于 2025-02-17 16:21:40 发布

清同趣科研

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分类专栏： R绘图基础微生物群落构建机制文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_46814750/article/details/145394551

一、引言

我们之前发布的周集中老师团队零模型R中实战案例：扩增子分析|基于零模型的群落确定性和随机性构建过程——R实战_bmntd-CSDN博客。在文末只输出了一个.csv 表格。并没有提供绘图的方法，有小伙伴问如何在R中一键成图呢？还真可以！

小伙伴建议绘制带显著性检验的箱线图以及柱状图，本文提供了后续相关代码。如下图所示，绘制出漂亮的箱线图和堆叠柱状图将为论文增色不少。

二、绘图代码

2.1 绘制箱线图

代码如下：

# 安装所需的包（如果尚未安装）
if (!requireNamespace("dplyr", quietly = TRUE)) install.packages("dplyr")
if (!requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)) install.packages("ggplot2")

# 载入必要的包
library(dplyr)
library(ggplot2)

data<- read.csv("Ecological_process_bNTI_RC.csv")

# 创建分组,抽提组间比较的样本，ABCD可换为你自己数据
# 对应的组别，多于的组建议加一行代码
# grepl('^E', nam