GPU driver 430以及cuda 更新+relion 4安装 （isnan error ）

一、GPU driver update (430):

sudo apt-get update

sudo add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa

sudo apt install nvidia-430

依次输入如上命令后，重启电脑。

Problem #1:  sudo apt-get update，更新连不上库。

解决方法：打开Sysytem settings系统设置— Network网络设置—Network proxy

Method 选none，apply system wide。

二、cuda更新：

安装cuda 10.1:

wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/10.1/Prod/local_installers/cuda_10.1.243_418.87.00_linux.run

sudo sh cuda_10.1.243_418.87.00_linux.run

安装过程设置

Do you accept the previously read EULA? accept

Install NVIDIA Accelerated Graphics Driver for Linux-x86_64 410.48?  n

Install the CUDA 10.1 Toolkit?  y

Enter Toolkit Location [ default is /usr/local/cuda-10.0 ]: Enter

Do you want to install a symbolic link at /usr/local/cuda-10.1? y

Install the CUDA 10.1 Samples? y

Enter CUDA Samples Location [default is /home/xxxx ]: Enter

安装完后查看cuda 版本：

nvcc --version

 设置环境变量：

打开环境变量文件：

vi ~/.bashrc

或者 新手推荐

在home/amax 下 ctrl+H 打开隐藏文件 .bashrc。设置cuda10.1的环境变量，save后推出

三、cydNN更新：

先下载7.6.5版本的deb包，依次安装

sudo dpkg -i libcudnn7_7.6.5.32-1+cuda10.1_amd64.deb

sudo dpkg -i libcudnn7-dev_7.6.5.32-1+cuda10.1_amd64.deb

sudo dpkg -i libcudnn7-doc_7.6.5.32-1+cuda10.1_amd64.deb

四、Relion install:

mkdir relion4 # 新建relion4文件夹区别之前老版本

cd relion4

git clone https://github.com/3dem/relion.git

cd relion

git checkout ver4.0

git pull

mkdir build

cd build

cmake .. #编译relion4.0

make -j 4

sudo make install  #编译完必须确认安装

problem #2:  relion 4, install  error 'isnan' was not declared in this scope

解决方法：打开安装目录/src/jaz/tomography/local_particle_refinement.cpp ，

将isnan 全部替换成

其他：

在编译时，遇到库包不全时，相对应更新完库后，再执行编译安装。