做第一个课题时没人告诉我要做插值,现总结基本步骤供大家参考,少走弯路。
step1:
spacing interpolation
间隔插值,也就是在做重采样的事情,让所有像素对应的物理空间size一样大。
(具体做法:sitk实现resample)
PS:在 brain MRI中,看情况考虑spacing的问题。
分割任务中,如果spacing差异不大可以认为是size varation,因为不同subjects也有size varation。
配准算法是考虑了数据spacing的,配出来的都是target的spacing。
厚层Fetal brain MRI 重建薄层数据的时候也考虑了spacing,并且可以设定重建出来的spacing。
step2:
window transform
调整窗宽窗位
step3:
get mask effective range
画mask
step4:
generate subimage
裁ROI