生信基地122篇单细胞教程全索引

写在前面

总有同学在添加我们时询问我们有哪些教程，这很难回答，毕竟我们光原创内容就有八百多篇。我们挂在B站的免费单细胞课程点击量已经43w啦，这里我们做一个生信基地现有单细胞教程全内容索引，以后不定期更新，方便大家获快速获得自己需要的教程。如果大家需要有辅导与答疑，也可以考虑我们的课程：这下真手把手教你做scRNA-seq数据基础分析。当然，最好的方式还是按照自己的需求直接用关键词在公众号中检索（教程参考：如何搜索公众号过往发布内容）。

单细胞教程全收录

单细胞数据分析系列教程：

B站视频，先看一遍视频再去看推送操作，建议至少看三遍：

https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/

如果你希望有人真的手把手教你学单细胞：这下真手把手教你做scRNA-seq数据基础分析

本公众号单细胞相关资料都可以在这里订阅：

scRNA-Seq学习手册Seurat V4修订版

scRNA-seq数据基础分析手册(2025最新修订，基于Seurat V5)，可配合开箱即用的单细胞分析镜像

scRNA-Seq学习手册Python版

scATAC分析学习手册

单细胞测序基础数据分析保姆级教程，代码部分整理在往期推送之中：

手把手教你做单细胞测序数据分析|1.绪论

手把手教你做单细胞测序数据分析|2.各类数据结构与读取方法

手把手教你做单细胞测序数据分析|3.单样本分析

手把手教你做单细胞测序数据分析|4.多样本整合

手把手教你做单细胞测序数据分析|5.细胞类型注释，从入门到入土

手把手教你做单细胞测序数据分析|6组间差异分析

手把手教你做单细胞测序数据分析|7基因集富集分析

Seurat中分类变量处理技巧

单细胞图片改造计划：

改造单细胞降维图| 1.DimPlot的探索

改造单细胞降维图| 2.ggplot2中的DIY

改造单细胞降维图| 3.3D降维图与动图绘制

改造单细胞降维图| 4.一些造好的轮子

沉浸式统计细胞比例

改造单细胞FeaturePlot

VlnPlot用法及ggplot复现

VlnPlot的ggplot改造

改造单细胞DotPlot

改造单细胞DoHeatmap

SCENIC转录因子分析：

SCENIC单细胞转录因子预测|1.绪论

SCENIC单细胞转录因子预测|2.学习手册

SCENIC单细胞转录因子预测|3.软件安装与数据准备

SCENIC单细胞转录因子预测|4.精简版流程

SCENIC单细胞转录因子预测|5.step1+step2构建共表达网络与regulon

SCENIC单细胞转录因子预测|6.Step3 利用AUCell对Regulon评分

SCENIC单细胞转录因子预测|7.Step4 二元矩阵的计算与可视化

SCENIC单细胞转录因子预测|8.Step5 regulon聚类、分群、降维

SCENIC单细胞转录因子预测|9.下游探索

SCENIC转录因子调控网络图

比R版本快几十倍| Pyscenic单细胞转录因子预测

非模式物种PySCENIC分析流程

上游fastq文件处理：

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：cellranger

单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：dropseqRunner

Cellranger报错：Unable to distinguish between [SC5P-R2, SC3Pv2] ...

BD Rhapsody平台单细胞转录组定量流程

BD Rhapsody定量输出文件读取

细胞通讯

B站连续播放起来比较方便：

https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1

往期推送

《细胞通讯》1.概论

《细胞通讯》2.1CellChat基础分析教程

《细胞通讯》2.2CellChat多组别分析

《细胞通讯》CellChat学习手册

CellChat细胞通讯运行内存及时间压力测试

CellChat空转细胞通讯合辑

SeekSpace细胞通讯分析

拟时序分析

B站连续播放起来比较方便：

https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=1

往期推送

《拟时序分析》1.概论

《拟时序分析》2.monocle概论

《拟时序分析》3.monocle2实操：精简版拟时序

《拟时序分析》4.monocle2实操：完整版

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》5.初识monocle3

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》6.monocle3的降维、分群、聚类

单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》7.monocle3的拟时序分析

解决monocle2的orderCells报错的两种方法

一文搞定拟时序分析的下游可视化探索

Slingshot拟时序分析学习手册

5w单细胞在Monocle2拟时序中占据多少内存？

单细胞拷贝数变异

单细胞拷贝数变异学习手册

scATAC

scATAC分析学习手册

一文了解单细胞染色质及常见分析

一文了解染色质可及性和表观基因组调控

snATAC联合scRNA揭示小鼠肾脏细胞分化程序和疾病靶点

百万级单细胞多组学数据集成

scFAST系列

scFAST分析| 01.绪论

scFAST分析| 02.单细胞分析准备工作

scFAST分析| 03.fast模块

scFAST分析| 04.Seurat分析及可视化

scFAST分析| 05.mut模块

一文学会scFAST-seq数据分析

单细胞代码复现

单细胞注释复写(一):Human Fetal Kidney

单细胞注释复写(二): human colorectal

《Cancer Cell》|时空单细胞揭示CRC的PD-1治疗免疫细胞动态

代码复现|scRNA-seq绘制透明细胞肾癌的免疫微环境

代码复现|吞噬作用增强肿瘤中巨噬细胞的氧化代谢和免疫抑制特征

《NC》代码复现| scRNA-seq揭示人纤维化皮肤病中的成纤维细胞异质性和间充质成纤维细胞增加

代码复写《Developmental Cell》|利用scRNA-seq对新生儿~成人肝脏发育和成熟的时间分析

《Nature Communications》| scRNA-seq揭示头颈癌早期转移过程中潜在的免疫逃避机制

《Cell》复现|中性粒细胞scRNA-seq图谱阐明抗肿瘤抗原呈递效力

复现24年前的《Nature》—GEO中的第一个数据

急性心肌梗塞(AMI)外周血scRNA-Seq分析实战(链接重置)

GSE157783数据集复现及差异分析

CellRank的教程重现

小鼠纹状体单细胞基因变化图谱

T Cell单细胞参考图谱

MLP模型鉴定免疫细胞发育和瘤内T细胞耗竭的单细胞染色质图谱

干细胞样CD4+ T细胞与自身免疫性血管炎

小鼠与人类的空间表观单细胞图谱

人类肾脏scRNA-seq图谱

胰腺导管腺癌的内异质性和恶性进展scRNA-seq图谱

肝脏发育、成熟的单细胞图谱

微环境中肿瘤免疫屏障决定了免疫治疗的效果

scRNA揭示T1D骨髓与骨质减少的关系

肝癌单细胞分群marker

胶质瘤相关巨噬细胞scRNA图谱

人类乳腺癌scRNA-seq数据

肢端黑色素瘤细胞scRNA-seq图谱&免疫治疗

皮质神经注释复写

非小细胞肺癌免疫治疗后肿瘤微环境重塑scRNA图谱

小鼠脑动脉瘤模型的scRNA-Seq分析

儿童白血病的单细胞数据读取

疟疾中免疫细胞亚群的调控响应

单细胞空间转录组在脑科学领域的应用

snATAC联合scRNA揭示小鼠肾脏细胞分化程序和疾病靶点

优秀文章复现案例展示

零代码复现《NC》+1

单细胞压力测试：

30w单细胞数据会吃掉多少内存？

你的电脑算单细胞有多快？

新年新气象| 独享用户硬件升级对比报告

如何让计算时间缩短2/3

5w单细胞在Monocle2拟时序中占据多少内存？

其他单细胞相关技术贴也在这里：

应审稿人要求| pseudo bulk差异分析

你的电脑算单细胞有多快？

genesorteR——比FindAllMarkers快一百倍！

如何让计算时间缩短2/3

单细胞必修课——Seurat流程

scRNA-Seq双细胞过滤手册

scRNA-Seq学习手册Seurat V4修订版

快速上手Seurat V5

单细胞Figure 1常见图表(视频教程)

SCTransform与ScaleData

细胞的数量由誰决定？

单细胞中应该如何做GSVA？

答读者问（三）：单细胞测序前景

答读者问（四）：如何分析细胞亚群

答读者问（八）：为什么Read10X也会报错?

答读者问（十）整合后的表达矩阵，如何拆分出分组信息？

答读者问（十一）如何一次性读取一个目录下的cellranger输出文件？

给你安排一个懂生信的工具人（十）：不学编程 零代码完成单细胞测序数据分析：Loupe Browser

什么？不做单细胞也能分析细胞类群和免疫浸润？

答读者问 （十三）查看Seurat对象时的ERROR：type='text'

各类单细胞对象（数据格式）转换大全（一）

单细胞对象(数据格式)转换大全|2. h5ad转Seuratobj

批量整理好GEO中下载的单细胞数据

答读者问 （十五）稀疏矩阵转matrix, as.matrix函数是下下策

答读者问 （十六）做单细胞测序到底需要多少内存

答读者问 （十七）调用的线程越多就算的越快嘛?

答读者问（十八）、一个我至少被问过30遍的monocle报错

没有barcode文件的单细胞数据要怎么读取

单细胞基因集评分之AUCell

粉丝来稿|1. Seurat4相较于Seurat3的几点改动

如何加快Seurat的计算速度

一文搞定单细胞基因集评分

答读者问（二十）四个单细胞样本只给了一套文件怎么读

人类单细胞测序数据中有哪些以"**-"开头的基因

为什么总把分辨率调的很高

Seurat中如何让细胞听你指挥

答读者问| 22.object 'CsparseMatrix_validate' not found

单细胞数据在R中的读取及存储速度太慢怎么办？这个神包来帮你！

单细胞分群分辨率选择困难症

一文搞定空间转录组与单细胞测序的整合分析

一文掌握十个单细胞数据库

如何将已经构建好的Seurat空转对象转存为原始文件？

一文学会零代码单细胞分析

SeekSpace| 会单细胞就会空间转录组

10xGenomics官方可视化工具——Loupe Browser

快速上手Cellranger

单细胞/空转生信工程师自测卷(入门级)

单细胞/空转生信工程师自测卷(B卷)

30w单细胞数据会吃掉多少内存？

如何选取适合自己的单细胞测序平台

单细胞文献阅读：

scATAC分析神器——Signac

汤神《Science》新作：scNanoATAC-seq2

《Advanced Science》新型Arf1抑制剂促进癌症干细胞衰老并增强抗肿瘤免疫

IF14.3| scRNA-seq+脂质组多组学分析揭示宫内生长受限导致肝损伤的性别差异

《Nature Methods》|单细胞联合类器官技术解析人脑发育特征

必读综述|肿瘤单细胞+免疫微环境

Q1临床设计+生信分析，单细胞揭示骨髓增生异常综合征中的造血功能异常&微环境中的细胞状态

13分+文章利用scRNA-Seq揭示地铁细颗粒物引起肺部炎症的分子机制

除了铁死亡，还有铜死亡？！

scRNA-seq揭示脓毒症预后水平预测的关键靶点！

机器学习+生信多组学联合构建牙周炎"线粒体功能障碍与免疫微环境"关联网络

scRNA-seq揭示人纤维化皮肤病中的成纤维细胞异质性和间充质成纤维细胞增加

《Narure Biotechnology》教你怎么"捏造"单细胞数据

拟时序分析神包—monocle的三篇《Nature》

IF=12.4| sc联合Bulk RNA：构建预测前列腺癌的神经内分泌细胞内在特征

测序技术的发展与应用

Biomamba助推的第二篇文章!发表了！

又来了！Biomamba生信基地助推的第四篇文章!

单细胞测序解析糖尿病肾病中肾小球的动态变化

Cell metabolism| 单细胞测序技术解析健康人与T2D患者的胰岛差异

Science| 小鼠全肾单细胞测序开篇之作

一篇不花钱就能白嫖的文章

不会吧不会吧，Nature都能白嫖？

高氧下小鼠肺发育损伤的ScRNA图谱

IgAN & STRT-Seq

老树开新花—EGFR、肿瘤、免疫+scRNA-Seq

癌前基质细胞驱动BRCA1肿瘤发生

紧跟生信"钱"沿,胰腺癌&免疫多模态图谱

原发头颈癌和肿瘤转移微生态

《Cell Metabolism》：肾脏疾病&代谢&核受体ESRRA

《Nature communication》：PD-1&急性髓细胞性白血病&T Cell

单细胞测序揭示鼻咽癌微环境的基质动力学和肿瘤特异性特征

《Nature》：MYB调控衰竭性T细胞对检查点抑制的响应

单细胞都能活检测序了？

文献阅读(二十九)、单细胞测序做到什么程度能毕业|硕士篇

文献阅读(三十)、单细胞测序做到什么程度能毕业|博士篇

2022年了，都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|小鼠篇

2022年了，都有哪些器官/组织有scRNA-Seq数据|人类篇

2023年了, 都哪些物种有scRNA-Seq数据

终于读到一篇用monocle3做拟时序的文章

单细胞转录组+亚细胞空间代谢组=25分文章

酸了，六个样本的scRNA-Seq+差异分析=9分文章

自测scRNA-Seq+scWGBS=3分三区文章？

百万级单细胞多组学数据集成

空间转录组与单细胞转录组整合分析工具大比拼

<IF=27.4> IgG4相关性疾病中颌下腺和血液中的细胞和分子改变

微生物组研究技术——微生物也能做单细胞

scRNA-Seq+WGCNA+铁死亡：IF=9.69

《Nature》: 单细胞解析大脑感知流感过程

两万字长文|当前单细胞 RNA-seq 分析的最佳实践

数百万级单细胞数据时代的多组学分析

《Nature Methods》: NiCheNet, 能够考虑到胞内转录调控的细胞通讯软件

基于scRNA-Seq&空间转录组的AKI研究

自测蛋白质组+Bulk RNA-Seq & 挖掘scRNA-Seq=13.6分JASN

非监督式聚类在scRNA-Seq应用中的挑战

Seurat V5的《Nature Biotechnology》

当空转遇上单细胞~

人类肾脏参考组织图谱

有免疫特征的基质细胞，有没有可能是双细胞？

CAR-T治疗急性髓细胞性白血病的scRNA-Seq图谱

临床样本+单细胞+空转=IF4.8？

鼻咽癌的Bulk RNA-Seq与scRNA-Seq联合分析

GPTCelltype：玩GPT4玩出Nature

《Nature Methods》教你如何挑选空转平台

一文了解sc与sn的异同

scRNA-seq联合olink揭示肥胖骨关节炎患者新治疗靶点！

一份样本变两份数据：单细胞 ATAC+RNA 多组学解决方案

IF=12.4| sc联合Bulk RNA：构建预测前列腺癌的神经内分泌细胞内在特征

寻找双细胞过滤的八边形战士

IF=40.8|肿瘤免疫：从免疫基因组学到单细胞分析和人工智能

硬件准备：

生信分析为什么要使用服务器？

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配置一个心仪的工作站(硬件+环境配置)

独享服务器，生信分析不求人

为实验室准备一份生物信息学不动产

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