在线分子对接工具：全自动的蛋白-配体盲对接计算（CB-Dock2）

2022年5月24日，四川大学曹洋研究团队在《Nucleic Acids Research》[IF=14.9]在线发表了题为“CB-Dock2: improved protein-ligand blind docking byintegrating cavity detection, docking and homologous template fitting”的研究论文，并同时发布了蛋白-配体分子对接服务器软件 CB-Dock2。在测试数据集上，CB-Dock2获得了85.9%的预测成功率，达到了同类方法的最好水平。

简介

CB-Dock2服务器通过下面4个步骤实现了全自动的蛋白-配体盲对接计算（1）蛋白和配体结构数据的输入和质量检查；（2）结构数据预处理，修补缺失原子及氢原子、去除水分子及其他杂原子；（3）蛋白口袋探测、空间参数估计、基于Vina打分的分子对接、基于模板匹配与构象转移的分子对接；（4）计算结果的综合处理与可视化。CB-Dock2服务器在配体输入模块新添加了分子绘制的功能，方便分子结构数据的导入，同时支持用户提交的蛋白-配体复合物作为模板。其计算结果信息包括口袋组成、口袋几何参数、配体最优构象、能量打分、相互作用模式、参考模板等。

该工具可以通过以下网址快速访问：

https://cadd.labshare.cn/cb-dock2/php/index.php

使用介绍

① 首页点击 Get started 进入工作页面：

② 按照顺序上传蛋白与配体（支持多种格式），随后点击提交：

③ 结果导出与可视化如下，右下角提供了部分美化选项（图形可拖动与放大）：

很方便的工具