蛋白对接_【分子对接教程】蛋白/核酸/多肽小分子对接（DOCK 6.9）

用途

使用UCSF DOCK 6.9程序进行分子对接计算，研究蛋白/核酸/多肽与有机小分子的结合模式与相互作用。

预备知识

分子对接的算法流程

1. 将配体放置在受体口袋中，搜索/调整配体构象，获得可能的结合构象；

2. 对每种结合构象进行打分评估，筛得若干最佳打分构象，称为 姿势(Pose)或 模式(Mode)。

定义口袋

该步骤的目的是告知程序在受体中哪个区域进行分子对接。

大致流程是：

1. 使用小球填充受体表面的空腔；

2. 指定位点，并选择位点附近某范围内的小球；

3. 设置盒子将小球包裹住，在盒子内生成能量格点(Grid)；

4. 配体分子将沿着小球摆放，并在此盒子内计算格点打分(Grid Score)。

计算模式

本方案提供5种计算模式：

• 柔性配体对接

  这是最主要、最常用的功能，对应的是上述 分子对接算法流程中的两个环节。

• 固定锚点对接

  如果配体分子已经在口袋中，想搜索更好的结合取向，可用这种模式。

• 刚性