celldex::HumanPrimaryCellAtlasData 报错:Cannot connect to ExperimentHub server, using ‘localHub=TRUE‘

singleR 报错


进行singleR自动注释时,使用refdata=celldex::HumanPrimaryCellAtlasData() 后遇到如下报错

Cannot connect to ExperimentHub server, using 'localHub=TRUE' instead
Using 'localHub=TRUE'
  If offline, please also see BiocManager vignette section on offline use
Error in .updateHubDB(hub_bfc, .class, url, proxy, localHub) : 
  Invalid Cache: sqlite file
  Hub has not been added to cache
  Run again with 'localHub=FALSE'
In addition: Warning message:

解决方案:

  1. 在下面链接下载celldex旧版本的压缩包:
    https://bioconductor.org/packages/3.12/data/experiment/html/celldex.html

压缩包如下
2. 将压缩包放入工作路径,使用下面代码进行本地安装:

install.packages("~/celldex_1.0.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
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