paired reads 来自于 Illumina 测序协议,其中两对 read 指向彼此,长度分别约为 150 bp,两端之间的距离为几百个碱基对:
==150==> <==150==
|------- 400 ------|
Mated pair libraries 是指在文库制备过程中采用了某种环化方法,即测序后,读取的序列指向同一个方向,两者间的距离为几千个碱基对:
==150==> ==150==>
|------- 2000 ------|
需要注意的是比对算法是如何立即判断read对的距离和方向,从而识别相应的测序流程
Mated pair 通常用于组装,因为即使中间序列缺失,它也允许对更远的 DNA 片段进行排序