Ansible内置模块之file

ansible.builtin.file 模块用于管理文件和目录的属性。可以创建、删除文件或目录,修改文件权限、所有者等属性。

1. 选 项 说 明

选项必须类型默认值说明
pathstr要管理的文件或目录的路径
statestr状态或类型。可为 file,directory,absent,link 等
modestr权限,如 0644、0755 等
ownerstr所有者
groupstr属组
recurseboolno是否递归更改目录及其内容的所有者、组和权限
srcstr用于创建符号链接时,指向源文件的路径
forceboolno在创建符号链接或硬链接时,如果目标已存在,是否强制替换
selevelstr设置文件或目录的 SELinux 安全级别
serolestr设置文件或目录的 SELinux 角色
setypestr设置文件或目录的 SELinux 类型
seuserstr设置文件或目录的 SELinux 用户

2. 用 例

# 创建或修改一个文件的属主,属组及权限
- name: Change file ownership, group and permissions
  ansible.builtin.file:
    path: /etc/foo.conf
    owner: foo
    group: foo
    mode: '0644'

#
创建一个目录
- name: Create a directory if it does not exist
  ansible.builtin.file:
    path: /etc/some_directory
    state: directory
    mode: '0755'

#
创建一个带httpd_sys_content_t标签的目录
- name: Create the /webdev directory with SELinux label
  ansible.builtin.file:
    path: /webdev
    state: directory
    group: webdev
    setype: httpd_sys_content_t
    mode: '2775'

#
递归修改目录属主和属组
- name: Recursively change ownership of a directory
  ansible.builtin.file:
    path: /etc/foo
    state: directory
    recurse: yes
    owner: foo
    group: foo

#
创建一个连接文件
- name: Create a symbolic link
  ansible.builtin.file:
    src: /file/to/link/to
    dest: /path/to/symlink
    owner: foo
    group: foo
    state: link

#
强制创建/更新link地址
- name: Force replace an existing symbolic link
  ansible.builtin.file:
    src: /etc/newsourcefile
    path: /etc/linkfile
    state: link
    force: yes

#
更新修改和访问时间
- name: Update modification and access time of given file
  ansible.builtin.file:
    path: /etc/some_file
    state: file
    modification_time: now
    access_time: now

#
更新文件访问时间
- name: Set access time based on seconds from epoch value
  ansible.builtin.file:
    path: /etc/another_file
    state: file
    access_time: '{{ "%Y%m%d%H%M.%S" | strftime(stat_var.stat.atime) }}'

#
删除文件
- name: Remove file (delete file)
  ansible.builtin.file:
    path: /etc/foo.txt
    state: absent

#
递归删除目录
- name: Recursively remove directory
  ansible.builtin.file:
    path: /etc/foo
    state: absent

          

### 获取和使用TCGA数据集 #### 下载基因组学和病理组学数据集 为了从癌症基因组图谱(TCGA)项目中下载基因组学和病理组学的数据集,可以采用多种方式。一种推荐的方法是从UCSC Xena平台进行下载[^2]。该平台提供了直观的界面来浏览、查询以及下载来自TCGA项目的各种类型的数据。 对于希望获得更详细的控制权的研究员来说,还可以考虑通过官方提供的API接口或者命令行工具如`TCGAbiolinks`来进行自动化批量处理操作[^4]。这些工具能够帮助用户更加高效地检索并获取所需的具体样本及其对应的临床息和其他辅助资料。 #### 对应关系建立 当涉及到将不同类型的omics数据关联在一起时,比如要使基因表达水平与组织切片图像相匹配,则需要注意确保所选样品之间存在一致性和可比较性。通常情况下,在TCGA数据库内每一份病例都会有一个唯一的标识符(barcode),这个编号可用于追踪同一个病的多个层面的息记录[^1]。因此,在提取两部分或多部分数据之前应当确认它们属于同一份样本,并依据此唯一码作为连接键实现跨表联合分析。 #### 处理注意事项 值得注意的是,在解析RNA-seq原始计数或是其他形式测序产出的结果前,可能还需要额外准备一些资源文件用于后续步骤中的映射工作。例如,如果打算把探针ID转换成标准的Ensembl Gene ID或者其他通用命名体系下的名称的话,那么就需要事先准备好相应的注释表格,像`encode.v22.annotation.gene.probeMap`这样的文档就非常有用处。另外,选择合适的参考序列版本也至关重要,因为不同的gencode GTF版本可能会引起识别上的差异从而影响最终统计效果[^3]。 ```r library(TCGAbiolinks) # 设置参数 query <- GDCquery(project = "TCGA-BRCA", data.category = c("Transcriptome Profiling"), experimental.strategy = "RNA-Seq") # 执行查询并下载数据 GDCdownload(query) ```
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