新格元-CeleScope实战

新格元-CeleScope实战

下载软件

# GitHub提供了一个conda_pkgs.txt文件，需要git clone到服务器
git clone https://github.com/singleron-RD/CeleScope.git 
# 创建conda环境并安装conda包。 推荐使用mamba（是Conda的更快替代品）
conda install mamba
cd CeleScope
mamba create -n celescope -y --file conda_pkgs.txt
# 安装CeleScope
# 在运行 pip install celescope 之前，请确保您已激活 celescope conda 环境
# 依赖包很多啊，部分是conda安装，部分需要用pip
conda activate celescope
pip install celescope

整个流程：（其实就是cutadapt 和 star， featureCounts的封装）

下载参考基因组文件

mkdir hs_ensembl_99
cd hs_ensembl_99

# 下载人的参考基因组fa文件与gtf文件，你是鼠的就下载鼠的然后构建就好了
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/fasta/homo_sapiens/dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf.gz

# 解压
gunzip Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz
gunzip Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf.gz

conda activate celescope
# 构建参考基因组
nohup celescope rna mkref \
 --genome_name Homo_sapiens_ensembl_99 \ #参考基因组名字
 --fasta Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa \ #参考基因组文件路径
 --gtf Homo_sapiens.GRCh38.99.gtf & #参考基因组注释文件路径
 

运行测试数据

#下载测试数据，
mkdir test_dir
cd test_dir
git clone https://github.com/singleron-RD/celescope_test_data.git
git clone https://github.com/singleron-RD/celescope_test_script.git

# 尝试运行CeleScope
cd 
mkdir test_celescope
cd test_celescope
vim mymapfile
#其实就是三行命令，第一个是fastq的前缀，不用管_1或者_2，它能识别，第二个就是你的fastq的绝对路径，第三个就是输出文件的文件名，还是很简单的
# rna     /home/legenddyx/CeleScope/test_dir/celescope_test_data/rna/fastqs/      rna_test 

 multi_rna\
 --mapfile ./mymapfile\
 --genomeDir /home/legenddyx/hs_ensembl_99\
 --thread 4\
 --mod shell\
 --gzip
 
 # 运行上面的代码之后就会生成一个shell的文件夹，里面有一个sh，直接运行这个sh脚本就可以得到结果了
 sh ./shell/rna_test.sh

得到结果了
sh ./shell/rna_test.sh

[外链图片转存中...(img-B322LKok-1695313311121)]