KEGG富集分析报错

最新推荐文章于 2023-07-31 15:30:02 发布
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1: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) :
  the 'wininet' method is deprecated for http:// and https:// URLs
2: In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) :
  the 'wininet' method is deprecated for http:// and https:// URLs

解决：ClusterProfiler包进行KEGG富集报错 - 简书

鹿鹿加油肝
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R语言做KEGG总是报错，如何用在线KEGG做富集？
qq_57180209的博客
05-29 662
R语言做KEGG总是报错，如何用在线KEGG做富集
（R语言）-15-KEGG富集分析气泡图
最新发布
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使用kegg数据库的一点见解
m0_68600081的博客
01-23 1790
现在自己打KEGG.db包，也就是你把时间点给固定了，什么时候重新跑，只要你用的还是原来的KEGG.db，你必须就可以重复出来。get_data_from_KEGG_db()使用get_KEGG_db()函数从"KEGG.db"中获取了"KEGGPATHID2EXTID"和"KEGGPATHID2NAME"这两个AnnDbBimap。这两个函数的代码放下面，有兴趣可以去看，最重要的可以看到这个函数的运行是联网的，所以网速不行就别用了。将前后两次的结果比较一下，发现完全一样，因此两种方法都可以。
用clusterProfiler包做KEGG富集，按教程更新了r包及r,怎么还做不出来,求高人指点，谢谢
lyq_2022的博客
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organism = "hsa",#物种，Homo sapiens (human)
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g2oCurveFitting程序报错，g2o版本问题。解决办法： 卸载已安装的g2o，g2o会安装在usr\local\bin,usr\local\include,usr\local\lib三个文件夹中，进入这三个文件夹，在终端输入：sudo rm -rf *g2o*。 进入下载的slambook源码下安装自带的g2o，编译即可。 ...
R中函数enrichKEGG报错Error in download.KEGG.Path(species) :‘species‘ should be one of organisms listed in
weixin_54434521的博客
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在R中用enrichKEGG函数进行富集分析时，发现一直报错，尝试修改网络，导入library(DO.db)等网上的解决方法时都没有用，还是出现如下报错， 偶然间看到jimmy老师的博客，尝试了下，解决了问题。运行下面代码即可 参考KEGG数据库倒闭了吗 (360doc.com)...
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04-04
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gsea:用于基因组富集分析的R包
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基因组富集分析（GSEA）是一种广泛应用的生物信息学方法，它可以帮助研究者理解基因表达数据中的生物学意义。在R编程环境中，`gsea`包提供了强大的工具来执行这种分析。本文将深入探讨`gsea`包的核心功能、安装与...
【R语言clusterProfiler包】KEGG数据库更新，分析时报错如何解决
jxm的博客
04-28 5478
注意：如果当时可以用，但是过一段时间不能用了；还是同样的报错，那就重新再装一次这个包，不然加载没问题，就一直找不到问题，必须重新装一次。报错原因：在线查询KEGG数据库更新了，需要用新版本的R，更新clusterProfiler包。本地查询与在线查询唯一不同的就是设置 use_internal_data =T。clusterProfiler包。R版本不对 R4.1。
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01-19 2万+
Error in read.dcf(file.path(pkgname, “DESCRIPTION”), c(“Package”, “Type”)) : 无法打开链结 此外: Warning messages: 1: In download.file(url, destfile, method, mode = “wb”, …) : downloaded length 6385664 != repo...
使用在线版Rstudio跑kegg，解决报错报错 fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(species)的方法
weixin_51192038的博客
08-08 5308
在线版rstudio ，你用过吗
WinInet 与 winHTTP 共同引用 冲突
Silver_sail的专栏
05-25 2440
问题：       WinInet 与 WinHTTP 同为Windows 平台下访问互联网的API组。WinInet 技术比较老，已经有十余年历史了，在某些方面并不完全胜任访问Internet的工作。于是后来有了winHTTP APIs。 或许是微软考虑到winHTTP技术可以全面替代WinInet访问，所以某些结构体、宏被winHTTP.h 文件进行了重定义。当一个代码文件(.cpp
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前几天领导让统计用户活跃量，想着加一个主动上报的进程，在服务启动的时候调用。 server端是一个页面 http://s.co.com/analysis.htm Clinet端访问的时候在后面加上参数即可，ID=XXXX&IP=XXXX，然后对后面的集合进行BASE64编码，整合之后Client端要发送的消息就是  Get http://s.co.com/analysis.htm?Sk1f
关于Mac使用R/RStudio install.packages()失败解决方式
weixin_49441666的博客
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RStudio中installs显示Warning: unable to access index for… 在RStudio中，未能解决这个问题，但是我发现在R中下载成功后的包，在RStudio中也可以使用，故本篇失败信息和解决方法是针对R的。
KEGG富集分析r语言
09-01
KEGG富集分析是一种常用的生物信息学分析方法，用于研究基因或蛋白质的功能和通路富集情况。在R语言中，可以使用Bioconductor中的包来进行KEGG富集分析，其中包括KEGGREST和clusterProfiler。 首先，你需要安装并加载这些包。可以使用下面的代码来完成这一步骤： install.packages("BiocManager") BiocManager::install("KEGGREST") BiocManager::install("clusterProfiler") library(KEGGREST) library(clusterProfiler) 接下来，你需要准备好你的基因列表，并使用KEGGREST包中的函数获取基因对应的KEGG通路信息。下面是一个示例代码，你可以根据你的需要进行修改： gene_list <- c("gene1", "gene2", "gene3") # 替换为你的基因列表 kegg_pathways <- keggGet("pathway", "hsa", "list") # 获取KEGG通路列表 gene_pathway <- enrichKEGG(gene = gene_list, organism = "hsa", pvalueCutoff = 0.05) # 进行KEGG富集分析 最后，你可以使用clusterProfiler包中的函数来可视化KEGG富集分析结果，比如绘制富集通路的柱状图、网络图等。以下是一个绘制柱状图的示例代码： barplot(gene_pathway, showCategory = 10) # 显示前10个富集通路 通过以上步骤，你就可以在R语言中进行KEGG富集分析了。请注意，根据你的具体需求，你可能还需要进行一些参数的调整和结果的解释。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *2* [R语言clusProfiler进行GO与KEGG富集分析](https://blog.csdn.net/Joey_Liu666/article/details/124988292)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *3* [生信分析论文套路R语言代码](https://download.csdn.net/download/thtfhtfhvyyy/87244940)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]

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