或许加个
options(timeout = 600000000) ### set this to avoid timeout error
就可以解决此类报错。(2023-09-28)
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已成功安装cellcall,在不使用代理情况下remotes::install_github("ShellyCoder/cellcall") ,就OK了,猜测之前可能是网络问题。
(2023-09-27)
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记一次debug失败。至今未能安装cellcall。(2023-09-26)
我的R(4.3.1)和Rstudio都已经是最新版本。依赖的包也全部安装并更新到了最新版本。
官网:https://github.com/ShellyCoder/cellcall
官网提示:
library(devtools)
devtools::install_github("ShellyCoder/cellcall")
安装失败,提示网络错误(此处尝试了不使用代理/使用不同的代理 均无效,就差重启大法了)
尝试本地安装:
官网下载zip后,未提示报错。
但是无法library
查看根目录,存在cellcall-master文件夹,打开后如下:
和cellranger里的文件长得不太一样... 难道因为cellcall封装方式有问题?
尝试此文章的解决方案,均无效。
Celltalker and Cellcall:scRNA-seq的细胞间通讯分析 - 知乎 (①使用install.packages() function:②安装依赖包)
后来想到查看官网作者给出的安装环境。他是R-3.6.0。于是下载了R-3.6.0,但是无法用Rstudio打开(版本太老了吗?),报错如下:
Rstudio报错FindFirstFile: 系统找不到指定的路径。 (3)_机智的煮粥男的博客-CSDN博客
后来想到运行可以直接运行R呀!不一定需要Rstudio。于是直接在R中装cellcall,但是需要安装的包太过繁琐...放弃了
也许今后会尝试:
重启大法
使用旧版本的Rstudio
直接在R中装cellcall
用别的R包做
查看他的源代码使用功能
...
...
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