Error in download.KEGG.Path(species) :

最新推荐文章于 2023-07-31 15:30:02 发布
最新推荐文章于 2023-07-31 15:30:02 发布
阅读量1.3k 收藏 2
点赞数 2
文章标签： r语言
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/m0_59049265/article/details/127776135
版权

> kegg <- enrichKEGG(gene = data$entrezID,organism ="human",pvalueCutoff = 0.05)
Reading KEGG annotation online:

fail to download KEGG data...
Error in download.KEGG.Path(species) : 
  'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...
In addition: Warning message:
In utils::download.file(url, quiet = TRUE, method = method, ...) :
  URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'

解决方法：

R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method",'auto') 
 

一条闲鱼~@
关注
  • 2
    点赞
  • 踩
  • 2
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
关于KEGG报错问题的解决
x_yAOTU的博客
08-09 7621
关于KEGG报错问题的解决
Error in download.KEGG.Path(species) : ‘species‘ should be one of organisms listed in ‘http://www
生信小博士的博客
11-04 1596
【代码】Error in download.KEGG.Path(species) : 'species' should be one of organisms listed in 'http://www。
R中函数enrichKEGG报错Error in download.KEGG.Path(species) :‘species‘ should be one of organisms listed in
weixin_54434521的博客
06-10 1万+
在R中用enrichKEGG函数进行富集分析时，发现一直报错，尝试修改网络，导入library(DO.db)等网上的解决方法时都没有用，还是出现如下报错， 偶然间看到jimmy老师的博客，尝试了下，解决了问题。运行下面代码即可 参考KEGG数据库倒闭了吗 (360doc.com)...
使用在线版Rstudio跑kegg，解决报错报错 fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(species)的方法
weixin_51192038的博客
08-08 5265
在线版rstudio ，你用过吗
【R语言clusterProfiler包】KEGG数据库更新，分析时报错如何解决
jxm的博客
04-28 5289
注意：如果当时可以用，但是过一段时间不能用了；还是同样的报错，那就重新再装一次这个包，不然加载没问题，就一直找不到问题，必须重新装一次。报错原因：在线查询KEGG数据库更新了，需要用新版本的R，更新clusterProfiler包。本地查询与在线查询唯一不同的就是设置 use_internal_data =T。clusterProfiler包。R版本不对 R4.1。
bionode-kegg:用于KEGG API的Node.js模块
05-11
生物结节 用于KEGG API的Node.js模块。
KEGG简介.pdf
10-30
"KEGG简介" KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一种系统分析基因功能、基因组信息数据库，旨在研究者把基因及表达信息作为一个整体网络进行研究。KEGG 由三个主要数据库组成：GENES 数据库、...
KEGG数据库简介.pptx
06-16
简介 KEGG数据库简介全文共28页，当前为第1页。 产生的背景 如何借助计算机全面地展示细胞和生物所包含的生物学信息是后基因组时代的重大挑战之一。科学家期望能够根据基因组中的信息，用计算机计算或者预测出比较...
KEGGTools:一组用于下载和处理KEGG数据库的工具
05-15
KEGG工具 一组用于下载和处理KEGG数据库的工具 介绍 KEGG是研究某些生物的蛋白质功能和代谢途径的... python3 download_organism.py --url http://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html --out KEGG.org 这将从KEGG
KEGG数据库的使用说明.pdf
10-30
KEGG Pathway可以分为两种，一种是参考代谢通路图（Reference Pathway），另一种是特定物种的代谢图（Species-Specific Pathway）。Reference Pathway是根据已有的知识绘制的概括的、详尽的具有一般参考意义的代谢图...
用clusterProfiler包做KEGG富集，按教程更新了r包及r,怎么还做不出来,求高人指点，谢谢
最新发布
lyq_2022的博客
07-31 401
organism = "hsa",#物种，Homo sapiens (human)
【无标题】
weixin_47634487的博客
12-20 307
Reading KEGG annotation online: fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(spe...
使用kegg数据库的一点见解
m0_68600081的博客
01-23 1753
现在自己打KEGG.db包，也就是你把时间点给固定了，什么时候重新跑，只要你用的还是原来的KEGG.db，你必须就可以重复出来。get_data_from_KEGG_db()使用get_KEGG_db()函数从"KEGG.db"中获取了"KEGGPATHID2EXTID"和"KEGGPATHID2NAME"这两个AnnDbBimap。这两个函数的代码放下面，有兴趣可以去看，最重要的可以看到这个函数的运行是联网的，所以网速不行就别用了。将前后两次的结果比较一下，发现完全一样，因此两种方法都可以。
编译高翔SLAM十四讲g2o时错误解决
z952957407的博客
11-03 893
g2oCurveFitting程序报错，g2o版本问题。解决办法： 卸载已安装的g2o，g2o会安装在usr\local\bin,usr\local\include,usr\local\lib三个文件夹中，进入这三个文件夹，在终端输入：sudo rm -rf *g2o*。 进入下载的slambook源码下安装自带的g2o，编译即可。 ...
R安装程辑包，无法打开压缩文件错误
热门推荐
Wu_sanxing的博客
01-19 2万+
Error in read.dcf(file.path(pkgname, “DESCRIPTION”), c(“Package”, “Type”)) : 无法打开链结 此外: Warning messages: 1: In download.file(url, destfile, method, mode = “wb”, …) : downloaded length 6385664 != repo...
go kegg_KEGG数据本地化，再也不用担心网络问题了
weixin_39895481的博客
12-04 5910
背景 KEGG.db的包自2011年后不再更新，clusterprofiler做KEGG分析的时候，可以使用KEGG提供的API对所需物种信息进行获取，但是KEGG的服务器有时候会断网，这对我们批量进行数据分析的时候，会发生错误而分析中断。另外，目前我们在云上使用docker是无法联网的(不是云平台的原因)。因此我需要自己自备数据分析来获得更为全面正确的分析结果。KEGG.db基本信息查...
getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see 'help("repositories", package = "BiocManager")' for details. Replacement repositories: CRAN: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ Bioconductor version 3.16 (BiocManager 1.30.20), R 4.2.2 (2022-10-31 ucrt) Installing package(s) 'KEGG.db' Setting options('download.file.method.GEOquery'='auto') Setting options('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE) Warning message: package ‘KEGG.db’ is not available for Bioconductor version '3.16' A version of this package for your version of R might be available elsewhere, see the ideas at https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
04-23
正在安装包 'KEGG.db' ，设置选项('download.file.method.GEOquery'='auto')，设置选项('GEOquery.inmemory.gpl'=FALSE)。警告信息：包'KEGG.db'在Bioconductor版本'3.16'不可用。此包的版本可能在其他地方适用于您...

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值