Lammps的in文件书写格式和细节注意

#--------------------初始化（模拟基本信息介绍）--------------------
units metal #单位制，不同材料体系的单位如：质量，温度，时间
#在模拟之前应该确定是什么材料体系，金属metal，石墨烯或高分子等
dimension 3 #维度，设置模拟的维度，2代表二维如石墨烯；
boundary p p p #边界条件，p代表周期性，f固定边界,s和m非周期
atom_style atomic #交代模拟环境下的相互作粒子的属性，如原子atomic，离子，分子等

##--------------------模拟区域信息设置--------------------
lattice fcc 4.05 #晶格参数设置，晶格类型如fcc或bcc，hcp等，以及晶格常数
region box1 block 0 30 0 30 0 30 #设置模型区域大小，box1区域名称，block模拟形状为块体
#0 30 0 30 0 30三个方向的长度
#此处需要注意，如果0 30 0 30 0 30后面没有后缀，则真实长度是30*4.05，即原子层数
#如果0 30 0 30 0 30 后面跟了units bock则模拟区域的长度则为真实长度30

create_box 1 box1 #设置原子种类数，此处1代表盒子中有几种原子
create_atoms 1 region box1 #向模拟区域中添加原子，此处1代表向盒子box1中添加第一类原子

#模拟环境中的原子信息
mass 1 26.981 #Al,此处是对原子种类进行编号，此处将Al原子编号为1
#如果多余多主元体系，则需要对每个元素进行编号，如果有Fe，则需要加上，如下
#mass 2 56.981 #Fe

#以上是模型的基本信息基本写完

#--------------------势函数/力场的设置--------------------
pair_style eam/alloy #这里的势函数有多种，如eam，meam，还有反应势等，
#需要注意的是不同的势函数，对pair_coeff后面的书写内容格式不一样，具体如何写在官网查命令
pair_coeff * * Al99.eam.alloy Al
#* *通配符，表示原子之间的相互作用，如果有Al+Fe，则表示Al+Al相互作用，Fe+Fe相互作用，Al+Fe相互作用
#对应eam势函数，如果还有铁的话，Al99.eam.alloy Al Fe，元素的顺序应该得和mass中一致

#保存模型
write_data Al_model.xzy

#运行时间
timestep 0.001 #0.001ps(皮秒),每一步运行0.001Ps

velocity all create 300 12345
#all是一个默认的关键字；300表示初始温度为300k, 123456代表随机种子，给每个原子创建初始速度

fix 1 all npt temp 300 300 1 iso 0 0 1
#对原子fix，1表示Al原子，npt代表系综，300 300 1 分别表示初始温度，和终止温度，以及阻尼系数
#阻尼系数=1000*timestep（0.001）
#iso,对体系进行控制压力，iso/aniso,iso是对x,y,z同时控压，既使得xyz尺度同时伸长或缩短；aniso可以使得xyz尺度独立变化
#0 0 1 分别表示初始压强，终止压强，和压强阻尼系数，

#设置输出信息格式
thermo 1000 #每1000步输出一次
thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp #设置输出样式，和自己想要的信息
#custom关键字，lx ly lz三个方向的长度；pxx pyy pzz三个方向的压力；pe势能；temp温度

dump 1 all custom 1000 Al.xzy type x y z
#1代号；1000步输出一次；Al.xzy输出的文件名；type x y z 输出原子的类型和x y z坐标
#设定运行步数
run 20000