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python
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薛定谔的青蛙
不要再联系我MD相关的事了,工作了不干这玩意了。
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lammps+python脚本计算熵
lammps手册中和熵(entropy)相关的命令只有 compute entropy/atom,但看了看手册上的描述感觉不对劲。思索许久才发现作者在文章最后附上了自己通过轨迹文件计算熵的脚本。以及模拟时间内熵的均值:427.882547(单位懒得打了)。析帧数过多/原子数过多。原创 2023-12-13 17:17:34 · 798 阅读 · 4 评论 -
lammps reaxff力场断键分析
事情是这样的。最近照着一个毕业师兄的文章跑了个reaxff的模拟,在分析断键情况时又被lammps反人类的输出给难到了。在网上找了下也没有实现相应功能的脚本,于是乎自己动手丰衣足食,写了段脚本进行分析。原创 2023-05-03 15:15:50 · 2818 阅读 · 6 评论 -
lammps输出轨迹转标准格式xyz
事情是这样的,跑了几个小时lammps的到结果后想用脚本对dump的xyz轨迹进行分析,结果发现居然不支持。原来lammps的轨迹太过自由了,并不是标准的xyz文件。很多软件和脚本都只支持标准的xyz文件(如MS,VMD,MDAnalysis)等。原创 2023-05-03 14:34:06 · 3440 阅读 · 4 评论 -
material studio使用perl脚本形成交联聚合物
最近在研究交联聚合物,但是目前似乎并没有一个通用的建模方法。比较常见的环氧树脂交联的研究都是基于同一个人开发的脚本。于是我尝试了下在此基础上进行修改用于其他体系。原创 2023-02-04 22:08:27 · 6501 阅读 · 26 评论 -
python处理lammps data文件异常成键
事情是这样的,之前用packmol堆叠了模型后发现本不应该成键的离子键也形成了化学键,手动删除又怕出错就随便写 了段脚本处理原创 2023-01-27 18:24:42 · 529 阅读 · 2 评论 -
python输出lammps log文件某段的最值
事情是这样的......好吧,貌似也没什么故事好讲的,就是日常水群随便解决了一下群友的问题。原创 2023-01-08 17:22:42 · 216 阅读 · 0 评论 -
matplotlib自定义风格
使用matplotlib进行绘图时,经常遇到个问题,就是总是要花大量代码对绘图的格式进行设置。虽然可以将同一类绘图的代码保存以后使用,但是看着这么长一串用来设置格式就很不爽。原创 2022-09-21 20:27:11 · 1359 阅读 · 2 评论 -
python读取文本绘制动图
python提取文本文件数据并绘制GIF。原创 2022-07-31 22:53:37 · 417 阅读 · 0 评论 -
lammps建模——EMC
使用python调用EMC(增强蒙特卡洛),自动生成用于lammps的data文件。原创 2022-07-20 19:15:32 · 3506 阅读 · 17 评论 -
python生成随机H原子data文件的程序
采用python建立随机原子data生成程序,以便lammps使用。原创 2022-07-10 09:41:25 · 521 阅读 · 0 评论