分子动力学
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薛定谔的青蛙
又卷又菜,人菜瘾大。
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lammps+python脚本计算熵
lammps手册中和熵(entropy)相关的命令只有 compute entropy/atom,但看了看手册上的描述感觉不对劲。思索许久才发现作者在文章最后附上了自己通过轨迹文件计算熵的脚本。以及模拟时间内熵的均值:427.882547(单位懒得打了)。析帧数过多/原子数过多。原创 2023-12-13 17:17:34 · 519 阅读 · 4 评论 -
lammps reaxff力场断键分析
事情是这样的。最近照着一个毕业师兄的文章跑了个reaxff的模拟,在分析断键情况时又被lammps反人类的输出给难到了。在网上找了下也没有实现相应功能的脚本,于是乎自己动手丰衣足食,写了段脚本进行分析。原创 2023-05-03 15:15:50 · 2334 阅读 · 6 评论 -
lammps输出轨迹转标准格式xyz
事情是这样的,跑了几个小时lammps的到结果后想用脚本对dump的xyz轨迹进行分析,结果发现居然不支持。原来lammps的轨迹太过自由了,并不是标准的xyz文件。很多软件和脚本都只支持标准的xyz文件(如MS,VMD,MDAnalysis)等。原创 2023-05-03 14:34:06 · 2731 阅读 · 4 评论 -
material studio使用perl脚本形成交联聚合物
最近在研究交联聚合物,但是目前似乎并没有一个通用的建模方法。比较常见的环氧树脂交联的研究都是基于同一个人开发的脚本。于是我尝试了下在此基础上进行修改用于其他体系。原创 2023-02-04 22:08:27 · 5367 阅读 · 23 评论 -
python处理lammps data文件异常成键
事情是这样的,之前用packmol堆叠了模型后发现本不应该成键的离子键也形成了化学键,手动删除又怕出错就随便写 了段脚本处理原创 2023-01-27 18:24:42 · 442 阅读 · 2 评论 -
python输出lammps log文件某段的最值
事情是这样的......好吧,貌似也没什么故事好讲的,就是日常水群随便解决了一下群友的问题。原创 2023-01-08 17:22:42 · 189 阅读 · 0 评论 -
cellulose-builder建立纤维素模型
Cellulose-builder 是一个用户友好的程序,可以构建不同尺寸和几何形状的纤维素晶体结构。该程序以蛋白质数据库格式为指定结构的所有原子生成笛卡尔坐标,适合用作分子动力学模拟和其他计算中的起始配置。纤维素多晶型物 Iα、Iβ、II 和 III I的晶体结构实际上任何尺寸的纤维都可以很容易地构建,包括平行六面体、任何长度的植物细胞壁纤维素基本原纤维和单层。原创 2023-01-07 21:17:30 · 1415 阅读 · 8 评论 -
lammps学习(三)聚烯烃反应力场(reaxff)热分解
事情是这样的,师妹问了我这样一道期末试题:(封面图)。我一看,这还不简单,反应力场下升温看下什么时候开始断键不就行了。说干就干,结果就做上头了。原创 2022-10-22 19:48:25 · 6513 阅读 · 10 评论 -
lammps输出的模型导入MS
对于lammps处理后的结果,有时需要使用material studio进一步处理。这就需要将lammps输出的data格式文件转换为material studio可识别的pbd格式文件。原创 2022-10-08 10:45:45 · 2765 阅读 · 9 评论 -
MS氢键计算脚本
VMD不能统计PBC(周期性边界条件)。原创 2022-09-29 14:50:01 · 1737 阅读 · 2 评论 -
vmd氢键分析
v使用md简单统计氢键数并分析来源。原创 2022-09-27 19:01:45 · 4485 阅读 · 6 评论 -
lammps建模——EMC
使用python调用EMC(增强蒙特卡洛),自动生成用于lammps的data文件。原创 2022-07-20 19:15:32 · 2856 阅读 · 16 评论 -
python生成随机H原子data文件的程序
采用python建立随机原子data生成程序,以便lammps使用。原创 2022-07-10 09:41:25 · 469 阅读 · 0 评论 -
lammps学习(二)联合原子模型聚乙烯拉伸
采用联合原子模型简化聚乙烯,并利用lammps对拉伸过程进行分析。原创 2022-07-07 19:12:24 · 7527 阅读 · 19 评论 -
lammps学习(一)单晶硅纳米磨削
lammps自带命令建模的简单磨削过程in文件。原创 2022-07-07 16:36:40 · 3830 阅读 · 3 评论