1.氢键介绍
氢原子与电负性大的原子X以共价键结合,若与电负性大、半径小的原子Y(O F N等)接近,在X与Y之间以氢为媒介,生成X-H…Y形式的一种特殊的分子间或分子内相互作用,称为氢键。当然X与Y可以是同一种类分子,如水分子之间的氢键;也可以是不同种类分子,如一水合氨分子(NH3·H2O)之间的氢键。氢键的本质就是强极性键(A-H)上的氢核与电负性很大的、含孤电子对并带有部分负电荷的原子B之间的静电作用力。
氢键的判定标准(以水分子为例):(1)两个氧原子之间的距离小于3.5 Ǻ;(2)氢键供体中的OH与氢键受体上的O之间的夹角α<30℃。
2.VMD操作
选择extensions>analysis>hydrogen bond进行氢键统计。
VMD默认统计方式如上。这样默认的原子距离和夹角一般较小,判定的氢键数偏小少,需要进行修改。
3.输出文件
hbonds.dat中包含导入模型每一帧的氢键数,这里我只导入了一帧。
0 46
hbonds-details.dat中包含氢键细节。
Found 46 hbonds.
donor acceptor occupancy
Seg2549--790 Seg- 100.00%
Seg2373--2504 Seg- 100.00%
Seg2278--1063 Seg- 100.00%
Seg2564--2424 Seg- 100.00%
Seg677--567 Seg- 100.00%
Seg488--520 Seg- 100.00%
Seg522--833 Seg- 100.00%
Seg794--681 Seg- 100.00%
Seg723--768 Seg- 100.00%
Seg681--668 Seg- 100.00%
Seg2450--2529 Seg- 100.00%
Seg2450--2313 Seg- 100.00%
Seg2530--793 Seg- 100.00%
Seg1043--2194 Seg- 100.00%
Seg2614--445 Seg- 100.00%
Seg522--562 Seg- 100.00%
Seg560--872 Seg- 100.00%
Seg462--560 Seg- 100.00%
Seg1597--721 Seg- 100.00%
Seg467--2581 Seg- 100.00%
Seg1597--768 Seg- 100.00%
Seg959--1051 Seg- 100.00%
Seg1235--1238 Seg- 100.00%
Seg2294--937 Seg- 100.00%
Seg1088--2299 Seg- 100.00%
Seg1088--2300 Seg- 100.00%
Seg2361--1011 Seg- 100.00%
Seg1593--1580 Seg- 100.00%
Seg2517--1500 Seg- 100.00%
Seg1408--1714 Seg- 100.00%
Seg917--1237 Seg- 100.00%
Seg1387--1269 Seg- 100.00%
Seg929--2358 Seg- 100.00%
Seg1434--978 Seg- 100.00%
Seg1434--979 Seg- 100.00%
Seg1815--1690 Seg- 100.00%
Seg1815--435 Seg- 100.00%
Seg431--2340 Seg- 100.00%
Seg2338--429 Seg- 100.00%
Seg1459--1691 Seg- 100.00%
Seg34--2159 Seg- 100.00%
Seg207--397 Seg- 100.00%
Seg1833--2152 Seg- 100.00%
Seg190--181 Seg- 100.00%
Seg286--2112 Seg- 100.00%
Seg1196--1199 Seg- 100.00%
里面包含了各个氢键相关原子的连接。但是这并不是hbonds-details.dat的默认输出,需要对VMD的tcl脚本进行修改才行。
4.tcl脚本
打开E:\Program Files(x86)\VMD\plugins\noarch\tcl\hbonds1.2\hbonds.tcl文件,在1062行后添加一行set newhbond [concat $d "-" $a],将输出改为每个氢键涉及的氧原子,然后保存。