python处理lammps data文件异常成键

薛定谔的青蛙

已于 2023-01-27 18:57:06 修改

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分类专栏： lammps 分子动力学 python 文章标签： python Powered by 金山文档

于 2023-01-27 18:24:42 首次发布

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事情是这样的，之前用packmol堆叠了模型后发现本不应该成键的离子键也形成了化学键，手动删除又怕出错就随便写了段脚本处理。

packmol是靠几何关系硬塞建模的，如果原子过近就会自动成键，导致模型错误。

原模型在隐藏原子后显示如下：

蓝色和绿色部分的离子也形成了化学键。

根据data文件的格式，删除所有包含离子的bonds即可：

f1 = open('mxene.data','r')
f2 = open('mxene.data','r')
out   = open("result.txt", "w")#输出文件
atoms = f1.readlines()[21:7622]#源文件原子部分
bonds = f2.readlines()[7626:21375]#原文件bond部分
#判断成键的两个原子是否包含离子，不包含就写入输出文件。
for line in bonds:
    if atoms[int(line.split()[3])-1].split()[2] != '4' and atoms[int(line.split()[3])-1].split()[2] != '5' and atoms[int(line.split()[3])-1].split()[2] != '7' and atoms[int(line.split()[2])-1].split()[2] != '4' and atoms[int(line.split()[2])-1].split()[2] != '5' and atoms[int(line.split()[2])-1].split()[2] != '7' :
        out.writelines(line)
print('done')#完成写入

输出文件中第一列的序号在excel中修改后粘贴回源文件bond部分即可，最终处理后的模型如下：