洛谷 P1140 相似基因

题目背景
大家都知道，基因可以看作一个碱基对序列。它包含了44种核苷酸，简记作A,C,G,TA,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能，以利用于诊断疾病和发明药物。

在一个人类基因工作组的任务中，生物学家研究的是：两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。

题目描述
两个基因的相似度的计算方法如下：

对于两个已知基因，例如AGTGATGAGTGATG和GTTAGGTTAG，将它们的碱基互相对应。当然，中间可以加入一些空碱基-，例如：

这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述，碱基之间的相似度如下表所示：

那么相似度就是：(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9(−3)+5+5+(−2)+(−3)+5+(−3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一，例如又有：

相似度为：(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14(−3)+5+5+(−2)+5+(−1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中，相似度最大的那个。

输入格式
共两行。每行首先是一个整数，表示基因的长度；隔一个空格后是一个基因序列，序列中只含A,C,G,TA,C,G,T四个字母。1 \le1≤序列的长度\le 100≤100。

输出格式
仅一行，即输入基因的相似度。

输入输出样例
输入 #1复制
7 AGTGATG
5 GTTAG
输出 #1复制
14

引用洛谷上的一张图片

dp[i][j]表示a串中前i个和b串中前j个最大相似度
dp[i][j]=max(dp[i-1][j-1]+f(a[i]-b[j]) , dp[i][j-1]+f(’-’-b[j]) , dp[i-1][j]+f(’-’-a[i]));

#include<bits/stdc++.h>
using namespace std;
#define inf 0x3f3f3f3f
char a[105],b[105];
int n,m,dp[105][105];
int f(int x){
    if(x==0)return 5;
    if(abs(x)==abs('A'-'C'))return -1;
    if(abs(x)==abs('A'-'G'))return -2;
    if(abs(x)==abs('A'-'T'))return -1;
    if(abs(x)==abs('A'-'-'))return -3;
    if(abs(x)==abs('G'-'C'))return -3;
    if(abs(x)==abs('T'-'C'))return -2;
    if(abs(x)==abs('C'-'-'))return -4;
    if(abs(x)==abs('G'-'T'))return -2;
    if(abs(x)==abs('G'-'-'))return -2;
    if(abs(x)==abs('T'-'-'))return -1;

}


int main(){
    ios::sync_with_stdio(0);
    cin>>n>>a+1>>m>>b+1;
    for(int j=1;j<=m;j++){
        dp[0][j]=dp[0][j-1]+f('-'-b[j]);
    }
    for(int i=1;i<=n;i++){
        dp[i][0]=dp[i-1][0]+f(a[i]-'-');
    }

    for(int i=1;i<=n;i++){
        for(int j=1;j<=m;j++){
            dp[i][j]=max(dp[i-1][j-1]+f(a[i]-b[j]),max(dp[i][j-1]+f('-'-b[j]),dp[i-1][j]+f('-'-a[i])));
        }
    }
    /*for(int i=0;i<=n;i++){
        for(int j=0;j<=m;j++){
            cout<<dp[i][j]<<' ';
        }
        cout<<endl;
    }*/


    cout<<dp[n][m]<<endl;


	return 0;
}