动归----相似基因

题目背景

大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列。它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物。

在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。
题目描述

两个基因的相似度的计算方法如下:

对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应。当然,中间可以加入一些空碱基-,例如:

这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的相似度如下表所示:

那么相似度就是:(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一,例如又有:

相似度为:(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中,相似度最大的那个。
输入输出格式
输入格式:

共两行。每行首先是一个整数,表示基因的长度;隔一个空格后是一个基因序列,序列中只含A,C,G,T四个字母。1<=序列的长度<=100。

输出格式:

仅一行,即输入基因的相似度。

输入输出样例
输入样例#1:

7 AGTGATG
5 GTTAG

输出样例#1:

14

题解
这个题每个基因对应关系不同,可以把两个基因都遍历一遍,f[i][j]:字符串s1的前i个与字符串s2的前j个匹配所能达到的最大匹配值,先把每个基因都对应空碱基算出来,
对于每个值,
for(int i=1;i<=l1;i++)
for(int j=1;j<=l2;j++)
{f[i][j]=max(f[i][j],f[i][j-1]+p[b[j]][5]);//当b[i]对应空碱基
f[i][j]=max(f[i][j],f[i-1][j]+p[a[i]][5]);// 当a[i]对应空碱基
f[i][j]=max(f[i][j],f[i-1][j-1]+p[a[i]][b[j]]);//当a[i]对应b[i]时
}只有三种情况,
f[l1][l2]就是答案
上代码:
#include

  • 0
    点赞
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值