「 nnunet实战-全流程使用nnunet模型跑自己的数据集」

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已于 2024-09-21 10:57:06 修改

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分类专栏：模型训练文章标签：笔记

于 2024-08-21 10:22:03 首次发布

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下载源码：

whttps://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet

安装依赖包 pip install nnunetv2

准备数据集

nnUNet文件下创建nnUNetFrame文件夹》 nnUNetFrame中创建DATASET的文件夹》 DATASET文件夹中nnUNet_raw，nnUNet_preprocessed，nnUNet_results》 nnUNet_raw放数据集（ Task01_BrainTumour ）》数据集中imagesTr（训练数据集）、imagesTs（测试数据集）、 labelsTr(对应标签文件)

修改框架路径

nnUNet/nnunetv2/paths.py

对应修改数据集路径

nnUNet_raw='/data2/zhangbei/nnUNet/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw’

nnUNet_preprocessed='/data2/zhangbei/nnUNet/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_preprocessed’

nnUNet_results='/data2/zhangbei/nnUNet/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_results’

制作数据集

nnUNet/nnunetv2/dataset_conversion/convert_MSD_dataset.py

修改line 132 数据目录和任务编码（注意指定任务编码为500以上）

生成nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/Dataset500_BrainTumour

转换后文件格式：BRATS_001_0000.nii.gz

构建数据json文件

nnunetv2/create_json.py

修改：line 14 数据目录

path_originalData = "/data2/zhangbei/nnUNet/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/Dataset500_BrainTumour/"

修改模态信息 (还可以加入“1”：“MRI”之类的描述)

json_dict['modality'] = {
    "0": "CT"
}

line 72 标签数量 range(4)表示4种类别（包括背景）

json_dict['labels'] = {i: str(i) for i in range(4)}

运行后在数据集目录下生成的data.json文件

检查数据集

nnunetv2/experiment_planning/ verify_dataset_integrity.py

修改line 232 数据目录

    example_folder = join(nnUNet_raw, '/data2/zhangbei/nnUNet/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw/Dataset500_BrainTumour')

run运行

预处理

终端 cd nnunetv2/experiment_planning

执行指令：

python plan_and_preprocess_entrypoints.py –d 500 #500为数据集任务名

在nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_preprocessed路径下生成一系列文件

训练网络

退回上一级文件命令 cd ..

终端 cd nnunetv2/run

python run_training.py Dataset500_BrainTumour 3d_loweres 4

生成nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_results下文件

注意：

Epoch在nnunetv2/training/nnUNetTrainer/nnUNetTrainer.py中修改 self.num_epochs = 500

可能存在eopch到500依旧继续训练，nnunet默认1000轮

 python run_training.py Dataset521_Hippocampus 3d_fullres 4 -tr nnUNetTrainer_5epochs

只有1，5，10，20能运行

run_trainning.py if __name__ == '__main__':

CUDA_VISIBLE_DEVICES=X #指定显卡

batch_size 在nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_preprocessed/Dataset521_Hippocampus/nnUNetPlans.json中修改

预测网络

cd nnunetv2/inference

predict_from_raw_data.py 修改 line 872 876 877 884 中数据集名称

line 874 Use_flods(0, ), -----> Use_flods(4, ),

python predict_from_raw_data.py

生成相关文件Dataset500_BrainTumour /imagesTs_predlowres

参考nnunetV2实操分享和代码精读倡议_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1Xw411z7E7/?spm_id_from=333.337.search-card.all.click&vd_source=603a91c069f6a08291615fe3a37ac042 nnU-Net v2的环境配置到训练自己的数据集（详细步骤）_nnunetv2-CSDN博客https://blog.csdn.net/m0_45521766/article/details/131539779