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RSS订阅原创 打开wsl，显示 [已退出进程，代码为 4294967295] 的解决方案
以管理员身份运行windows terminal输入netsh winsock reset重新打开windows terminal
2022-03-21 15:36:26
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原创 Gaussview保存文件时，对话框一直弹不出来的原因
之前用Gaussview建模时，用了分屏，而把保存文件的文本框放在了分屏的屏幕上，导致只用笔记本时文本框不能显示；解决办法：弄个显示屏来分屏，把文本框拽过来即可
2022-02-21 15:18:36
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原创 算POTCAR要上心！
在超算中算POTCAR不能直接复制算其它材料的POTCAR，需要用到cat命令！在超算里：用cat指令合并文件，算赝势就是把赝势库里面各个元素的赝势文件合并在一起，并放在新的文件夹里，格式：cat A B C > 新文件夹注意：以LiCl为例，在LiCl中新建一个POTCAR文件，把赝势包中的Li、Cl的POTCAR分别复制，然后按顺序粘贴到LiCl中的POTCAR中，原子数目不用管；即Lix_{x}xCly_{y}y的POTCAR都可以用LiCl的POTCAR...
2021-04-20 12:50:00
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原创 vesta建模
用vesta可以手动建模，参考学习视频：https://www.bilibili.com/video/BV1RK4y1C7NH?from=search&seid=7101935522119320084空间群、晶胞常数等都可以手动设置。
2021-02-03 14:46:14
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原创 NEB方法计算离子扩散路径和能垒（过渡态的计算）
第一步：先搭建初末态结构，如要算Li离在LiAg表面的扩散路径，先在Materials Project中找到LiAg的结构并导出.cif文件，然后导入到ms中，发现是一个体心立方，建3x3x3的超胞，挖出一个Li原子作为初态，然后进行结构优化，得到的结构命名为IS；...
2021-01-28 23:09:16
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原创 画离子扩散路径图
画离子扩散路径图只需要vesta和插点后生成的POSCAR。用neb方法插点后会生成几个文件夹（中间态），里面有POSCAR文件，依次按顺序将POSCAR导入vesta中，会发现离子大致的扩散路径，要注意：如挖掉了7号Li原子（初态结构），然后旁边的8号Li原子慢慢扩散移动到原7号Li原子的位置上，末态结构是原8号位置没有Li原子，原7号位置上有Li原子。画离子扩散路径图需要手动把所有中间态的POSCAR都放到一个POSCAR里，注意：不是用cat命令整合所有的POSCAR，而是只把迁移原子的xyz坐标
2021-01-28 22:09:12
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原创 vesta里晶胞深度提示（depth-cueing）
昨天把POSCAR导进vesta里后出现了下图情况：即后面的原子看不清楚，经过一番摸索，发现可以在左上角工具栏中view——overall appearance里，把enable depth-cueing前的勾勾取消。
2021-01-28 10:09:19
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原创 vesta打开CONTCAR显示白板的问题
引用的网址：http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=478347&do=blog&id=1227709使用VESTA打开CONTAR会显示白板，但是坐标是可以读出来，可用文本编辑器打开CONTCAR，遇到了以下情况：遇到这种或者全是0.000000000000E+00，把后面的NaN或0.000000000000E+00都删除掉，再重新用VESTA打开，就可以了。...
2021-01-27 00:44:32
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原创 用pymatgen生成晶格
若材料属于立方晶系，则代码可以直接写成：lattice = mg.Lattice.cubic(11.852) #括号里面的为晶格常数但若材料属于四方晶系（tetragonal），四方晶系有以下特点：a=b≠cα=β=γ=90°因此代码如下：lattice = Lattice.from_parameters(a=12.03, b=12.03, c=23.96, alpha=90, beta=90, gamma=90)...
2021-01-08 17:10:48
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原创 计算材料的Ehull
from pymatgen.ext.matproj import MPResterfrom pymatgen.io.vasp import Vasprunfrom pymatgen.analysis.phase_diagram import PhaseDiagram, PDPlottervasprun = Vasprun(r"D:\one-hundred structures\1_relax\vasprun.xml")# include structure so proper correction
2020-12-21 20:30:17
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原创 找到ordering后能量最低的结构
vasp计算完后生成100个结构，即100个文件夹，我们需要对文件夹中的vasprun.xml文件进行操作，这个文件几乎包括了所有的信息。首先我们需要找到能量最低的结构：from pymatgen import Structurefrom pymatgen.io.vasp.sets import MPRelaxSetfrom pymatgen.io.vasp import Vasprunall_energy = [] #python中min()函数的用法是返回列表元素中的最小值，我们先构建一个空的
2020-12-11 00:43:18
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原创 Ordering disordered structures
文献中会有晶体结构中一个位点部分占据的情况，实际上是在一个超胞中，用其它原子进行取代，在materials studio里面虽然可以在一个位点上面设置部分占据的数值（occupancy），导出的.cif文件里也有，但从vesta导出POSCAR后，会自动将部分占据补齐变成满占据，即vasp的输入文件中不能有部分占据。而我们可以用pymatgen建模，构建一个晶胞结构，若有部分占据的情况，pymatgen可以将其转换为vsap输入文件进行计算。具体教程参考：https://matgenb.materia
2020-12-10 22:43:36
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原创 enumerate structures
处理部分占据的另一个方法：https://matgenb.materialsvirtuallab.org/2013/01/01/Ordering-Disordered-Structures.htmlUsing the EnumerateStructureTransformation：首先需要安装enumlib，教程：https://github.com/msg-byu/enumlib/blob/master/README.md在COMPILING THE CODE部分，因为我的是windo
2020-12-10 22:41:39
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原创 python路径中有变量的写法
python中写路径时，斜杠/和反斜杠\很容易混淆。假如算完vasp后生成了十个文件夹，文件夹名为0_relax，1_relax …10_relax，想对这些文件进行批量处理，提取这些文件夹中的vasprun.xml文件：for i in range(10): v = Vasprun(r'D:/one-hundred structures/' + str(i) + '_relax/vasprun.xml')第一行中i为数字，写入路径中时，因为i的前后都是字符串，因此也要把i的类型变为字符串；
2020-12-10 22:40:36
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原创 POTCAR安装和配置环境
POTCAR安装和配置环境安装教程：https://pymatgen.org/installation.html?highlight=potcar需要在Linux环境下安装，可在虚拟机终端里面输教程里的代码。先要把赝势文件夹（使用potpaw_PBE文件夹，不带52，54）copy到电脑里，然后拖到虚拟机里，其在虚拟机的路径就是下文提到的<EXTRACTED_VASP_POTCAR>教程里面代码需要改动的地方：<EXTRACTED_VASP_POTCAR> <MY
2020-12-07 21:06:31
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空空如也
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